Những phong trào quốc gia
Khi tất cả các cuộc chiến tranh địa phương đòi độc lập bị thất bại, những người theo chủ nghĩa dân tộc của Indonesia bắt đầu nghĩ đến một cuộc tấn công có tổ chức hơn đối với chủ nghĩa thực dân Hà Lan. Phong trào bắt đầu bằng sự thành lập Boedi Oetomo, có nghĩa là 'sự điều khiển của quý tộc', vào năm 1908. Tổ chức của những người trí thức Indonesia này lúc đầu được lập ra với mục đích giáo dục nhưng sau đó chuyển sang chính trị.
Năm 1912 Sarekat Dagang Islam, Hiệp hội Những Nhà buôn Hồi giáo, được thành lập. Đầu tiên mục tiêu của nó là kích thích và xúc tiến cho lợi nhuận của công việc kinh doanh của người Indonesia ở vùng phía Đông Ấn Độ của người Hà Lan. Tuy nhiên, đến năm 1912 tổ chức của những nhà buôn trung lưu này đã chuyển thành một đảng phái chính trị.
Cũng năm 1912 một tổ chức tiến bộ Hồi giáo được thành lập ở Yogyakarta với mục đích cải tạo xã hội và kinh tế. Tháng 12 cùng năm Partai Indonesia được thành lập, với mục tiêu đấu tranh cho quyền độc lập của Indonesia. Cả ba người lãnh đạo tổ chức này đã bị chính quyền thực dân đưa đi đày năm 1913.
Năm 1914 chủ nghĩa Cộng sản được đưa vào vùng phía Đông Ấn Độ và các vùng phụ cận. Vào tháng 5 năm 1920 Hồi giáo Sarikat chia thành hai phái, cánh hữu và cánh tả. Cánh tả sau đó trở thành Đảng Cộng sản Indonesia.
Hội đồng nhân dân không quyền lực
Năm 1916 Hồi giáo Sarikat mở hội nghị lần đầu ở Bandung và kiên quyết đòi một chính quyền tự trị trong sự kết hợp với người Hà Lan. Khi Hồi giáo Salikat đòi hỏi chia quyền hành pháp trong vùng thực dân, người Hà Lan đã đáp ứng bằng cách thành lập Volksraad vào năm 1918, mà thực chất chỉ là một hội đồng nhân dân không có quyền lực với địa vị tư vấn. Những đại biểu người Indnesia trong hội đồng được bầu ra một cách gián tiếp, nhưng một số thì do chính quyền thực dân chỉ định.
Dưới sức ép của sự bất ổn định xã hội tại Hà Lan vào cuối cuộc Thế chiến thứ I, người Hà Lan đã hứa sẽ giao quyền tự trị cho Indonesia. Lời hứa này được gọi là ‘ời hứa Tháng 11’ không bao giờ được thực hiện. Đến năm 1923, với tình hình kinh tế suy thoái và các cuộc đình công của công nhân Indonesia, chính quyền thực dân còn hạn chế gay gắt hơn nữa các quyền tự do dân sự của người Indonesia.
Những tổ chức của Indonesia lớn mạnh
Bất kể sự hạn chế về chính trị, vào tháng 7 năm 1922, Ki Hajar Dewantoro đã thành lập Taman Siswa, một tổ chức xúc tiến nền giáo dục quốc gia. Năm 1924, Hiệp hội Sinh viên Indonesia được thành lập, trở thành động lực cho các phong trào chủ nghĩa dân tộc đòi độc lập quốc gia. Đảng Cộng sản Indonesia đã tiến hành những cuộc nổi đậy chống chính quyền thực dân vào tháng 11 năm 1926 ở Tây Java, và vào tháng Giêng năm 1927 ở Tây Sumatra.
Vào tháng 2 năm 1927 một số thành viên của Phong trào Indonesia đã tham dự hội nghị quốc tế đầu tiên của Liên đoàn Chống áp bức của Đế quốc và Thực dân ở Brussels. Tháng 7 năm 1927 Đảng Quốc gia Indonesia được thành lập. Đảng này đã dùng tiếng Bahasa Indonesia làm ngôn ngữ chính thức, và áp dụng một chính sách quân sự bất hợp tác với chính quyền. Ngày 28 tháng 10 năm 1929, các đại biểu của Đại hội Thanh niên Indonesia lần thứ hai ở Jakarta đã thề trung thành với 'một đất nước, một quốc gia và một ngôn ngữ - Indonesia'.
Quan ngại đối với tình hình ý thức quốc gia về tự do ngày một lớn mạnh, tháng 12 năm 1929 chính quyền thực dân đã bắt lãnh tụ Đảng Quốc gia Indonesia, Soekarno. Điều này đã gây ra làn sóng phản đối mạnh mẽ đối với người dân Indonesia. Sau đó hai lãnh tụ khác của Đảng Quốc gia Indonesia cũng bị bắt và bị đưa ra tòa về tội âm mưa chống chính quyền. Soekarno được thả vào tháng 9 năm 1931 nhưng đến tháng 8 năm 1933 lại bị đi đày. Ông ở trong vòng giam giữ của người Hà Lan cho đến cuộc xâm chiếm của người Nhật năm 1942.
Vào tháng 4 năm 1931, Đảng Quốc gia Indonesia ngưng hoạt động. Một đảng mới ra đời, Đảng Indonesia. Nền tảng của đảng này là chủ nghĩa dân tộc, phương châm của nó là độc lập. Cũng trong năm 1931 Đảng Pendidikan Nasional Indonesia được thành lập, được coi như một Đảng Quốc gia Indonesia mới.
Năm 1933 một cuộc binh biến nổ ra với chiếc tàu chiến của Hà Lan, trong đó những người theo chủ nghĩa dân tộc của Indonesia chịu trách nhiệm. Đến năm sau vua Syahrir và một số những lãnh tụ chủ nghĩa dân tộc khác bị bắt và bị đi đày cho đến năm 1942.
Năm 1936, Sutardo đã nộp đơn thỉnh cầu cho quyền tự trị của Indonesia. Lá đơn đã bị nhà cầm quyền Hà Lan bác bỏ thẳng thừng. Năm 1937 bác sĩ A.K. Gani mở đầu Phong trào Nhân dân Indonesia, dựa trên các nguyên tấc về chủ nghĩa dân tộc, độc lập xã hội và sự tự lực. Năm 1939 Liên đoàn Chính trị Indonesia yêu cầu thành lập một quốc hội gồm những người Indonesia, yêu cầu này đã bị chính quyền tại Hà Lan bác bỏ.
