Viện Nghiên cứu Lâm nghiệp là tiền thân của Viện Khoa học Lâm nghiệp Việt Nam, được thành lập năm 1961. Quá trình phát triển từ 1 viện là Viện Nghiên cứu Lâm nghiệp 1961-1971; sau đó thành 3 viện (Viện Lâm nghiệp 1972-1988, Viện Công nghiệp rừng 1974-1988, Viện Kinh tế Lâm nghiệp 1981-1988); và hợp nhất thành Viện Khoa học Lâm nghiệp Việt Nam (từ 1988 đến nay).
Ngày 25/11/2011 Thủ tướng Chính phủ ban hành Quyết định số 2099/QĐ-TTg về tổ chức và hoạt động của Viện Khoa học Lâm nghiệp Việt Nam là tổ chức sự nghiệp khoa học hạng đặc biệt, trực thuộc Bộ NN&PTNT.
Bộ NN&PTNT ban hành quyết định số 1149/QĐ-BNN-TCCB ngày 18/5/2012 Quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn, cơ cấu tổ chức và quyết định số 1656/QĐ-BNN-TCCB ngày 16/7/2012 Quy định Điều lệ tổ chức và hoạt động của Viện Khoa học Lâm nghiệp Việt Nam.