Tác dụng phụ thường gặp nhất của các kháng sinh aminoglycoside (như gentamycin, tobramycin, amikacin...) là biểu hiện nhiễm độc thận và ốc tai tiền đình. Với nhóm bêta lactam là phản ứng dị ứng và tình trạng tiêu chảy, viêm ruột, với clindamycin là biểu hiện tiêu chảy và ban dạng sởi ngoài da.
Các kháng sinh nhóm quinolone như ciprofloxacin, levofloxacin đều có thể gây kích ứng đường tiêu hóa, nhiễm độc thần kinh trung ương, gân và sụn do đó, cần tránh sử dụng ở trẻ em dưới 15 tuổi.
Metronidazole cũng có thể gây kích ứng đường tiêu hóa và nhiễm độc hệ thần kinh, vancomycin có thể gây hội chứng đỏ da toàn thân.
Phản ứng phụ thường gặp nhất của các kháng sinh tetracycline là gây kích ứng đường tiêu hóa và viêm âm đạo do nấm, với trimethoprim- sulfamethoxazole là gây kích ứng đường tiêu hóa và các phản ứng dị ứng.
Với các tác dụng phụ trên thì xương khớp hầu như không bị tác dụng phụ do kháng sinh.
