15 năm trước, con tàu du lịch Yashiromaru, do tập đoàn Yashiro đóng, bị đắm khi đang chở khách trên biển.
Con tàu mới của tập đoàn, chiếc Saint Aphrodite mới ra mắt công chúng. Conan, Ran và các bạn được mời tham gia chuyến du ngoạn đầu tiên của con tàu.
Thảm kịch xảy ra khi bà chủ của dòng họ Yoshiro và là chủ tịch tập đoàn bị sát hại ngay trên tàu. Thám tử Kogoro đưa ra suy luận của mình và mau chóng tìm ra hung thủ.
Tuy nhiên, Conan lại có suy nghĩ khác! Liệu lần này, suy đoán của Conan có đúng? Sai lầm này sẽ dẫn đến hậu quả như thế nào?