Thống đốc Tokyo nhận được một lá thư đe dọa và tàu điện ngầm sau này ông đi trên phát nổ và giết chết tất cả những người trên tàu. Conan có nhiệm vụ điều tra tìm ra kẻ khủng bố. Cậu nhận ra rằng điều này có quan hệ với một bí ẩn đã xảy ra cách đây tám năm ở một thị trấn vùng núi.
Một cậu bé tên của ToumaTachihara rơi vào một vực thẳm và mất trí nhớ. Conan đã cố gắng khơi dậy kí ức cho cậu bé ,nhưng Touma Tachihara không nhớ gì về quá khứ của mình. Conan sớm nhận ra rằng chìa khóa để giải quyết bí ẩn này nằm trong quá khứ bị lãng quên của cậu bé, và cố gắng hết sức để giải quyết bí ẩn.