Xem Thêm: Tuyển tập Ghost In The Shell Arise
Phim lấy bối cảnh năm 2027, một năm sau khi kết thúc cuộc chiến tranh phi hạt nhân thứ tư. Thành phố New Port vẫn đang chìm trong hỗn độn vì hậu quả chiến tranh, khi phải chịu đựng một vụ nổ bom do thuỷ lôi tự hành gây nên. Vì vậy, một tên lính có liên quan tới buôn lậu vũ khí đã thiệt mạng. Trong suốt quá trình điều tra, Sở Công an của Daisuke Aramaki đã phải đối đầu với Motoko Kusanagi, một hacker người máy phi thường do đơn vị bí mật 501 của quân đội thiết kế, một kẻ "mắt không bao giờ nhắm". Liệu Kusanagi có phải là kẻ đứng đằng sau vụ đánh bom?