Năm 2312 A.D, Bốn năm kể từ cuộc chiến cuối cùng của Celestial Being và Quân đội liên quân, một đội quân mang tên A-Laws đã xuất hiện và hoạt động độc lập với Liên minh Toàn cầu, nhằm thúc đẩy việc hợp nhất nhân loại.
Nhưng sự thật đằng sau việc hợp nhất ấy là sự đàn áp dã man những người chống đối chính phủ, các học thuyết gia và lý luận gia.
Setsuna F. Seiei, sau khi thoát chết trong trận chiến bốn năm về trước, đã tái xuất. Việc đầu tiên của cậu là kêu gọi Lyle Dylandy - em trai của Lockon - gia nhập đội ngũ các Gundam Meister và đưa nhà chiến lược Sumeragi quay trở lại tổ chức Celestial Being...