Tiếp theo phần 2, Mulder được tìm thấy trong sa mạc và được Albert Hosteen chăm sóc. Trong khi đó, Scully đi điều tra về loại bệnh đậu mùa kì lạ, cô phát hiện ra một nhà khoa học của Đức quốc xã tiến hành thử nghiệm loại thuốc trên con người, biến họ thành những sinh vật quái dị.
Cùng lúc đó, chị gái Melissa của Scully bị tên sát thủ bắt chết vì tưởng đó là Scully.