Năm 2131, thế giới đảo lộn sau cuộc thế chiến thứ 3. Duenan, nữ chiến binh được cứu sống từ đống đổ nát của một thành phố và được đưa đến Olympus.
Tại đây, cô đã gặp lại người yêu cũ của mình Briareos, nay đang trong hình dạng một con người cơ khí. Cùng với nhau, họ bắt tay hoàn thành nhiệm vụ mà tổ chức cao nhất của Olympus giao phó.
Deunan gặp lại mẹ trong quá khứ và biết tường tận về dự án mang tên "Appleseed" của mẹ, nó được giấu ngay trong khẩu súng mà bố cô để lại.
Cùng với Deunan, Briareos với những người bạn của mình chiến đấu để bảo vệ lấy hành tinh của họ, nơi con người và những Bioroid chung sống. Cuộc chiến này cũng sẽ ngăn chặn cuộc đụng độ của 2 thế lực cai trị đang muốn thôn tính lẫn nhau.