Sau khi đánh bại kẻ thù không đội trời chung - The Shredder, đội ninja rùa trở nên mất phương hướng. Thậm chí, tình anh em đã rạn nứt. Raphael, Donatello, Michelangelo ở lại New York; Leonardo bỏ đến Trung Mỹ theo lệnh của sư phụ Splinter.
Cùng lúc, sự vụ kỳ lạ bắt đầu xảy ra. Tay tài phiệt Max Winter đã giải được phong ấn cho bốn sinh vật đá cổ đại, và còn rắp tâm hồi sinh nốt đội quân đầy sức mạnh kia.
Liệu bộ tứ có gạt mâu thuẫn sang bên cạnh để cứu New York hay không?