Năm 2415, 400 năm sau đại dịch tiêu diệt gần hết nhân loại. Nữ sát thủ Aeon Flux nhận nhiệm vụ ám sát độc tài Trevor Goodchild. Càng dấn thân vào nhiệm vụ, những thông tin mà Aeon tìm được càng khiến cô bối rối.