Tại thị trấn Alamos, tọa lạc một ngôi đền lớn, Tháp Không - Thời gian, thờ Dialga và Palkia. Nhưng khi Dialga và Palkia bắt đầu chiến đấu trong không gian của mình, trận chiến lan khắp thế giới Pokémon, tách biệt thị trấn Alamos với phần còn lại thế giới.
Một con Darkrai sống trong thị trấn cố giúp đỡ, nhưng lại bị thị trấn cho là nguyên nhân vụ việc. Liệu Ash và các bạn có cứu được thị trấn Alamos trước khi nó bị phá hủy, và chứng minh được ý định của Darkrai?