Ninjutsu đã tồn tại từ rất lâu, được mệnh danh là Art of the Shadow. Học viện Ninja Hayate được rất nhiều người theo học, nhưng ba trong số đó tỏ ra không có chút năng khiếu ninja nào cả, thế nhưng họ lại được Hinata Mugensai đào tạo riêng.
Vào một ngày thì đội quân Jakanja (Tà Thần) tấn công học viện và giết toàn bộ học viên có mặt ở đó với mục đích là đoạt được báu vật của trường. Và nghiễm nhiên ba học viên đó trở thành những ninja huyền thoại Hurricaneger, chiến đấu với Jakanja.
Nhưng chẳng bao lâu sau, họ lại gặp một địch thủ mới: Hai anh em thuộc trường phái Gourai (Trấn Lôi) thuộc Học viện Ninja Ikazuchi cũng đang kiếm tìm báu vật với mong muốn chứng tỏ Học viện Ikazuchi là số một, nhưng sau đó thì đã gia nhập với họ, chống lại Jakanja.