Viện chiến lược phát triển được hình thành trên cơ sở là tiền thân là hai vụ của Uỷ ban Kế hoạch nhà nước (Vụ tổng hợp kế hoạch kinh tế quốc dân dài hạn và vụ kế hoạch phân vùng kinh tế), hai vụ này được thành lập theo Quyết định số 47/CP ngày 09/3/1964 của Hội đồng Chính phủ
