Hoà vào nhịp đổi mới toàn hệ thống ngân hàng Việt Nam, chi nhánh NHCTII-HBT cũng có sự đổi mới đáng khích lệ. Tuy nhiên, nhìn vào kết quả hoạt động trong những năm gần đây có thể thấy có một số vấn đề cần phải khắc phục trong thời gian tới, đó là tình trạng dư nợ tín dụng ngắn hạn có tỷ trọng ngày càng giảm trong tổng dư nợ, mặc dù về số tuyệt đối thì có sự tăng lên trong các năm gần đây. Số nợ xấu tồn đọng từ các năm trước mặc dù đã tích cực xử lý nhưng vẫn chưa đạt yêu cầu, nợ quá hạn mới còn phát sinh, tình trạng nợ khoanh vẫn chiếm tỷ trọng cao trong tổng nợ quá hạn. Để bắt kịp với sự đổi mới thì nâng cao chất lượng tín dụng ngắn hạn tại chi nhánh NHCTII-HBT là điều hết sức cần thiết để để chi nhánh phát triển vững chắc.