Một trong những vấn đề còn khó khăn để nâng cao chất lượng các món thanh toán của NHTM chính là tốc độ thanh toán qua trung tâm bù trừ của NHNN còn chậm. Tại trung tâm thanh toán bù trừ của NHNN thực hiện theo phương thức bán cơ giới: Các NHTM đánh chứng từ bù trừ vào máy rồi chuyển sang đĩa mềm hay truyền qua MODEM thoại đi bù trừ và NHNN chỉ thực hiện tối đa 2 phiên bù trừ trong ngày
