Trên thực tế hiện nay, hệ thống ngân hàng Việt Nam hoạt động còn kém hiệu quả, khả năng cạnh tranh còn yếu, kém linh hoạt, có nhiều vấn đề bất cập trong đó phải kể đến việc một số lượng vốn khổng lồ lên hàng ngàn tỷ đồng không thu hồi được vốn ở nhiều ngân hàng. Ở một số ngân hàng còn tình trạng ứ đọng vốn trong khi các doanh nghiệp lại thiếu vốn để sản xuất. Nợ quá hạn còn ở mức cao, độ an toàn trong hoạt động của ngân hàng còn thấp.