Sổ tay kiểm toán nội bộ gồm có 5 cấu phần: Cấu phần thứ nhất: Giới thiệu chung Trong phần này, Sổ tay kiểm toán nội bộ giới thiệu về sự cần thiết, mục đích, cấu trúc của Sổ tay kiểm toán nội bộ cũng như phương pháp tra cứu. Cấu phần thứ hai: Chính sách kiểm toán nội bộ Tại phần này Sổ tay kiểm toán nội bộ đề cập các nội dung của chính sách kiểm toán nội bộ, đó là những nội dung về quan điểm, định hướng, giải pháp đối với lĩnh vực kiểm toán nội bộ; các khuôn khổ hoạt động kiểm toán nội bộ được Hội đồng quản trị phê duyệt nhằm làm cơ sở cho việc xây dựng và tổ chức quản lý, thực hiện các cơ chế, quy chế, quy định, quy trình hoạt động kiểm toán nội bộ của NHTM. Cấu phần thứ ba: Cơ cấu tổ chức, điều hành và hoạt động của Kiểm toán nội bộ Phần này đề cập các nội dung về cơ cấu tổ chức bộ máy và điều hành hoạt động cũng như mối quan hệ giữa các bộ phận kiểm toán nội bộ và giữa bộ phận kiểm toán nội bộ với các bên có liên quan. Cấu phần thứ tư: Quy trình, thủ tục kiểm toán nội bộ Tại phần này, Sổ tay kiểm toán nội bộ đề cập cụ thể nội dung quy trình, thủ tục kiểm toán nội bộ nhằm hướng dẫn thực hiện chính sách kiểm toán nội bộ về hồ sơ kiểm toán và các bước thực hiện trong quy trình cũng như các thủ tục kiểm toán nội bộ. Cấu phần thứ năm: Hướng dẫn kiểm toán nội bộ một số nghiệp vụ Tại phần này được xây dựng độc lập và tách ra thành từng Phụ lục của Sổ tay kiểm toán nội bộ, theo đó hướng dẫn cụ thể về kiểm toán nội bộ một số nghiệp vụ của NHTM. Cùng với những hướng dẫn chung về quy trình, thủ tục kiểm toán nội bộ đã đề cập tại các cấu phần của Sổ tay kiểm toán nội bộ.
