Việc Việt Nam gia nhập WTO vừa đem lại cho các doanh nghiệp và các ngành kinh tế nhiều cơ hội lớn để phát triển, vừa đặt ra nhiều thách thức mới buộc các doanh nghiệp phải nhanh chóng đổi mới tư duy kinh doanh, đổi mới nguồn nhân lực, nâng cao thế lực cạnh tranh, áp dụng công nghệ cao vào sản xuất kinh doanh, khai thác thế mạnh các nguồn lực trong nước, cải cách hành chính và hệ thống luật pháp. Ngành thuỷ sản với mục tiêu trở thành ngành mũi nhọn và ngành xuất khẩu tiên phong cũng không tránh khỏi những khó khăn đó. Đặt biệt, ngành thuỷ sản đòi hỏi chế biến cũng như nuôi trồng, đánh bắt và xuất khẩu phải đảm bảo vệ sinh an toàn thực phẩm, vệ sinh môi trường nên khi gia nhập WTO yêu cầu này càng cao, càng đặt ra nhiều khó khăn cho các doanh nghiệp xuất khẩu thuỷ sản Việt Nam
