Bono Meyer, cậu bé thiên tài đã xóa bỏ hoàn toàn sự tồn tại của Marx - người định giết hại thanh tra Lyonnais - khỏi thế giới này. Khi đó, cậu mới nhận thức được sức mạnh khủng khiếp của bản thân và cho rằng có thể mình chính là nguyên nhân gây ra nỗi bất hạnh cho những người xung quanh. Tình cờ, Bono lại chạm trán với người bạn cũ Kaneda tại căn hộ chung cư của thuyền trưởng Jack khi đi tìm đầu mối để giải mã trò chơi xếp hình này...!!!