Cuốn Lịch sử Nhật Bản được biên soạn trên cơ sở tham khảo 165 công trình khoa học, trong đó có 90 đơn vị tiếng Việt, 36 đơn vị tiếng Anh và 39 đơn vị tiếng Nhật. Các tác giả rất coi trọng việc tham khảo trực tiếp tài liệu tiếng Nhật để cố gắng sử dụng một số tư liệu gốc và cập nhật những thành tựu nghiên cứu của các học giả Nhật Bản.
Trong khuôn khổ một giáo trình đại học, cuốn Lịch sử Nhật Bản có 420 trang. Trong giới hạn về độ dày đó, các tác giả đã trình bày một cách hệ thống toàn bộ tiến trình lịch sử Nhật Bản từ thời tiền sử, sơ sử cho đến hiện nay, kèm theo một số bản đồ và ảnh minh họa cần thiết. Các chương mục không máy móc phân chia theo các hình thái kinh tế xã hội hay theo hệ thống thuật ngữ cổ đại, trung đại, cận đại, hiện đại mà nội dung có những thời kỳ chưa dễ xác định rõ ràng và có những khác biệt so với lịch sử phương Tây. Nguyên tắc phân chia các thời kỳ lịch sử trong sách là căn cứ theo những đặc trưng cơ bản về văn hóa, chính trị của mỗi thời kỳ như: thời kỳ nguyên thủy, thời kỳ quốc gia cổ đại và nhà nước Luật lệnh, thời kỳ Heian, thời kỳ Kamakura, thời kỳ Muromachi, thời kỳ Azuchi Momoyama-Edo, thời kỳ Minh Trị duy tân và sự hình thành quốc gia cận đại, thời kỳ 1914-1945, thời kỳ sau chiến tranh thế giới thứ hai. Cuối sách có một chương dành cho Quan hệ Việt Nam - Nhật Bản truyền thống và hiện đại. Bố cục các chương mục theo phân kỳ lịch sử như vậy là hợp lý, khoa học, vừa phản ánh quan điểm chung của nhiều học giả Nhật Bản và phù hợp với một giáo trình cho sinh viên Việt Nam.
