Trong Nguyễn Trường Tộ Với Triều Đình Tự Đức, tác giả Nguyễn Đình Đầu tập trung vào khía cạnh quan hệ giữa Nguyễn Trường Tộ với triều đình Tự Đức. Sách viết dựa trên những tư liệu lịch sử đáng tin cậy. Các di thảo (trích dẫn) của Nguyễn Trường Tộ, trong đó có các bản điều trần gửi lên Triều đình về việc chấn hưng đất nước, hoặc là "kế hoạch đánh úp thành Gia Định", cho thấy phần nào chân dung đặc biệt của Nguyễn Trường Tộ, với trí tuệ phi thường, lòng yêu nước vô biên.