Cơ sở phương pháp luận của hệ thống phương pháp kiểm toán là phép duy vật biện chứng là khả năng nhìn nhận các hoạt động phức tạp thông qua quy luật biện chứng. Phép duy vật biện chứng chỉ ra tính logic của quá trình nhận thức đi từ trực quan sinh động đến tư duy trừu tượng đối với mỗi sự vật mỗi hiện tượng và được thể hiện thông qua các cặp phạm trù cụ thể. Trong quá trình xây dựng phương pháp kiểm toán cần quán triệt các quan hệ và các quy luật khách quan sau:
Như vậy nhận xét về phương pháp luận của kiểm toán đòi hỏi chúng ta phải đứng trên quan điểm duy vật biện chứng khi phân tích, lý giải các đối tượng kiểm toán. Điều này là cơ sở đảm bảo từ ban đầu tính độc lập và khách quan của hoạt động kiểm toán, đảm bảo tính chuẩn xác của các xét đoán mà kiểm toán viên nêu ra.
Tuy nhiên, để có thể phân tích diễn giải vấn đề và tiến tới lựa chọn, sử dụng một phương pháp kiểm toán thích hợp và hiệu quả nhất cho mỗi phần hành kiểm toán thì việc nắm bắt một cách khoa học và hệ thống n hững phương pháp chung và cơ sở phương pháp luận là chưa đủ mà kiểm toán viên còn phải biết vân dụng nhuần nhuyễn các phương pháp, kỹ thuật chuyên nghành liên quan của khoa học thống kê, toán học phân tích kinh tế.
Kiểm toán sử dụng các phương pháp kỹ thuật của một số môn khoa học để xây dựng ra hệ thống phương pháp kỹ thuật cụ thể trong kiểm toán:
Qua phân tích trên, chúng ta thấy phương pháp kiểm toán là sự vận dụng phương pháp luận duy vật biện chứng và các bộ môn khoa học tự nhiên và kinh tế vào quá trình thu thập bằng chứng, xác minh, đánh giá, nhận xét những nội dung kiểm toán được thể hiện qua các thông tin do đối tượng kiểm toán cung cấp và các tài liệu khác có liên quan, nhằm đảm bảo tính độc lập, khách quan cho kết luận kiểm toán. Chúng ta có thể mô tả khái quát về hệ thống phương pháp kiểm toán trên sơ đồ1.