Kiểm toán là một hoạt động độc lập với chức năng cơ bản là xác minh và bày tỏ ý kiến thuyết phục để tạo niềm tin, đáp ứng mong đợi của những người quan tâm thông qua kết luận kiểm toán đối với thực trạng tài chính của đơn vị. Trong khi đó hoạt động tài chính lại chứa đựng lại chứa đựng nhiều mối quan hệ hết sức phức tạp với mức độ và phạm vi biểu hiện khác nhau.... Vì vậy để thực hiện chức năng của mình, đòi hỏi kiểm toán phải hình thành một hệ thống phương pháp kiểm toán khoa học và hoàn chỉnh sao cho phát huy được tối đa tính thích ứng ling động, mở đường và tạo điều kiện cho mọi cuộc kiểm toán đi tới kết quả mong đợi. Song như chúng ta đã biết, ở Việt Nam kiểm toán là một lĩnh vực khoa học còn nhiều mới mẻ, quá trình hình thành và phát triển của nó quả thực chưa đủ cơ sở thực tiễn để chúng ta có thể đúc kết, hình thành nên những kỹ thuật và phương pháp kiểm toán khoa học hoàn chỉnh được chuẩn hoá thật đầy đủ bằng những mô hình và chương trình cụ thể. Điều này cũng nói lên rằng, không thể có một hệ thống phương pháp kiểm toán mang tính chất chuẩn mực chung áp dụng được cho mọi nội dung và mọi đối tượng kiểm toán cụ thể mà trong mỗi cuộc kiểm toán cụ thể đòi hỏi kiểm toán viên phải hết sức linh động lựa chọn những phương pháp kiểm toán thích hợp trên tinh thần kế thừa kinh nghiệm và phát huy năng lực sáng tạo thích ứng với từng hoàn cảnh cụ thể. Song dẫu kinh nghiệm chưa nhiều, nhưng cũng đã đủ để khẳng định tính độc lập của kiểm toán ở việt nam cả lý luận và thực tiễn.
Như vậy, để xây dựng một hệ thống phương pháp kiêmr toán khoa học hoàn chỉnh mang đậm mầu sắc thực tiễn thì trong hoạt động lý luận của khoa học kiểm toán trước hết cần làm rõ phương pháp kiểm toán chung , cơ sở lý luận cũng như cơ sở phương pháp kỹ thuật nghiệp vụ của kiểm toán .
Phương pháp nói chung được hiểu là các biện pháp , cách thức,thủ pháp sử dụng để theo đuổi và đạt mục tiêu đè ra. Phương pháp khoa học chung của các nhà khoa học sử dụng trong nghiên cứu có thể khái quát thành các bước sau:
Liên hệ với một cuộc kiểm toán cụ thể , phương pháp kiểm toán – một trường hợp vận dụng đặc biệt của phương pháp khoa học là những biện pháp , cách thức được sử dụng trong công tác kiểm toán nhằm thực hiện mục đích kiểm toán đã đặt ra. Quá trình kiểm toán, nhìn chung cũng được tiến hành như sau:
Thường khi tiến hành kiểm toán, ý kiến của các kiểm toán viên đã có sự khác nhau từ bước hai : đó là lựa chọn giả thuyết nào và vì sao lựa chọn giả thuyết đó (điều này còn phụ thuộc vào kinh nghiệm, trình độ kiểm toán viên). Có thể nói đây cũng là giai đoạn phức tạp và khó khăn nhất bởi lẽ kiểm toán viên cần phải đảm bảo rằng họ nhận biết được tất cả những điều cần khẳng định nằm bên trong và phía sau các giả thuyết đưa ra và chứa đựng trong kho các dữ liệu đã có mà các thông tin kiểm toán viên thu thập qua các thông tin kiểm toán. Đây cũng là nguyên nhân làm xuất hiện những quan điểm và ý kiến khác nhau về từng phần hành kiểm toán cụ thể (chẳng hạn đối với các khoản mục của báo cáo tài chính) và có thể dẫn tới sự không nhất quán của kết luận kiểm toán.
