Ở Việt Nam dùng 2 phương pháp, đó là phương pháp trực tiếp và phương pháp khấu trừ thuế.Theo Nghị định của Chính phủ số 158/2003/NĐ-CP ngày 10-12-2003 sửa đổi bổ sung một số điều luật thuế GTGT số 01/2003/QH11 ngày 17-06-2003 quy định:
- Phương pháp tính trực tiếp trên giá trị gia tăng chỉ áp dụng đối với các đối tượng sau:
- Phương pháp khấu trừ thuế áp dụng đối với các cơ sở kinh doanh,trừ các đối tượng áp dụng phương pháp tính trực tiếp trên giá trị gia tăng theo quy định trên.
Theo quy định hiện nay,có ba mức thuế suất thuế GTGT được áp dụng(0%,5%,10%).Căn cứ vào mức thuế suất quy định tại Điều 7 của luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế GTGT số 07/2003/QH 11 ngày17-06-2003, Bộ tài chính hướng dẫn nguyên tắc xác định thuế suất của hàng hoá, dịch vụ:
- Thuế suất thuế GTGT được áp dụng thống nhất ở các khâu: nhập khẩu,sản xuất,kinh doanh thương mại. Trường hợp thuế suất thuế GTGT do cơ quan hải quan tính thuế đối với hàng hoá nhập khẩu theo danh mục hàng hoá nhập khẩu khác với mức thuế suất thuế GTGT quy định tại Thông tư hướng dẫn thi hành về thuế GTGT thì cơ sở kinh doanh khi tiêu thụ nội địa phải tính thuế theo đúng mức, thuế suất thuế quy định tại thông tư được xác định theo nguyên tắc loại trừ : hàng hoá không quy định cụ thể trong nhóm thuế suất 5% thì áp dụng thuế suất 10%.
Điều 28 Luật thuế GTGT quy định những cơ sở sản xuất, xây dựng, vận tải phải nộp thuế GTGT cao hơn thuế doanh thu trong những năm đầu mà bị thua lỗ thì được xét giảm thuế trong từng năm dương lịch.
Mức xét giảm thuế GTGT tương ứng với lỗ của năm xét giảm thuế, nhưng tối đa không quá 50% số thuế GTGT phải nộp.