Hai năm đã trôi qua kể từ ngày bác sĩ phẫu thuật Jin Minakata bị cuốn vào dòng xoáy của thời gian trở về với thời đại Edo. Lúc này, một căn bệnh hiểm nghèo đang hoành hành toàn nước Nhật.
Mẫu thân của Saki Tachibana, người đã đuổi cô đi vì dám từ chối cuộc hôn nhân được định đoạt sẵn, cũng đã mắc phải căn bệnh nan y này. Saki đến nhờ Jin giúp đỡ nhưng mẹ cô lại cương quyết khước từ bất cứ phương pháp trị liệu nào.
Bên cạnh đó, càng ngày Jin càng bị cuốn sâu hơn vào vòng xoáy của lịch sử bởi những biến động của thời đại.