Phần 2 của X Files sẽ giới thiệu một số các nhân vật như X - người cung cấp thông tin cho Mulder, Alex Krycek - cộng sự của Mulder sau này trở thành kẻ thù của anh và Bounty Hunter Alien - một sát thủ biến hình.
Đây cũng là phần phim nhân vật Scully do nữ diễn viên Gillian Anderson đóng vắng mặt vì mang thai.
Điều này trong phim được giải thích rằng Scully bị bắt cóc bởi người ngoài hành tinh, sau đó cô bị hôn mê. Cốt truyện phần mới được thêm vào sự bí ẩn thần thoại nhiều hơn.