Nối tiếp theo những sự kiện xảy ra ở phần 1, trong phần 2, Optimus đã mất tất cả bộ nhớ cuộc sống trước đây của mình, trở về là nhân viên bán hàng dữ liệu Orion Pax.
Megatron đã lợi dụng việc này để “Orion” gia nhập vào phe Decepticon.
Trước tình cảnh đó, các Autobot cố gắng sử dụng siêu máy tính huyền thoại Vector Sigma để khôi phục lại các ma trận, đồng thời khôi phục lại trí nhớ của Optimus.