Lúc này, khi nhóm Fujimaru đã quay trở lại cuộc sống bình thường, cố gắng duy trì khoảng cách với THIRD-i thì một lần nữa, bóng đen khủng bố lại ập xuống bầu trời Tokyo, đe dọa xóa sổ mạng sống của hàng triệu con người.
Xuất hiện thêm một tổ chức khủng bố mới, đối đầu với J, đc cho rằng sẽ mang những tai ương như trong "chiếc hộp Pandora" huyền thoại, làm cho cuộc sống của chúng sinh chìm trong đau khổ và tuyệt vọng. Liệu Falcon sẽ làm thế nào để một lần nữa bảo vệ những người dân vô tội...