Sở DL tỉnh Ninh Bình chịu sự quản lý của UBND tỉnh Ninh Bình về hoạt động, tổ chức và biên chế , đồng thời chịu sự chỉ đạo, hướng dẫn về chuyên môn, nghiệp vụ, kiểm tra của Tổng cục du lịch theo quy định của Nhà nước, có tư cách pháp nhân, được phép sử dụng con dấu và mở tài khoản riêng tại kho bạc nhà nước để hoạt động.
