Tính hiệu quả không phải là một yếu tố duy nhất trong một cuộc kiểm toán hoạt động đối với một chương trình hoạt động hoặc quá trình hoạt động. Tuy nhiên, trong một số trường hợp, tính hiệu quả có thể là trọng tâm chính của một cuộc kiểm toán hoạt động bởi vì vai trò của tính hiệu quả là nhằm đạt được các mục tiêu của một đơn vị.