Phần mềm Quản trị hệ thống OMEGA.SM là module mang tính hệ thống dùng để quản lý các module khác. Ngoài ra, phần mềm Quản trị hệ thống OMEGA.SM còn cung cấp chức năng mang tính quản trị hệ thống như: Sao lưu dữ liệu, phục hồi đữ liệu, phân quyền, cấp bản quyền, định nghĩa các giao diện của hệ thống,… Màn hình phân quyền chức năng thực hiện các nghiệp vụ.

Người dùng có thể thực hiện việc phân quyền chức năng và phân quyền dữ liệu. Phân quyền chức năng là việc định nghĩa cho user được quyền thao tác thêm mới, sửa, in,... tại đó được hay không. Phân quyền dữ liệu là việc quy định user đó có được tác nghiệp lên dữ liệu đó hay không. Quyền của một user phải thỏa mãn cả hai điều kiện là quyền chức năng và quyền dữ liệu.