(Bàn về nội dung và phương pháp).
Mỗi một CTMT đều có mục tiêu xác định rõ ràng và được lượng hoá cụ thể. Kết quả thực hiện được xem là tốt và có hiệu quả khi mục tiêu của chương trình đạt tính kinh tế, tức là với một lượng kinh phí tối thiểu mà vẫn hoàn thành được CTMT đề ra. Khi tiến hành kiểm toán, KTV phải nắm vững các mục tiêu của chương trình cả về định tính và định lượng. Đánh giá việc thực hiện mục tiêu của chương trình cần phải dựa trên cơ sở mục tiêu của mỗi dự án thuộc CTMT và phải lưu ý đến đặc điểm, yêu cầu, mục tiêu thực hiện của từng nghành, địa phương, lĩnh vực cụ thể, tránh việc đánh giá cứng nhắc, thiếu khách quan. Mặt khác còn phải kiểm tra xem xét nội dung của các dự án có phù hợp với điều kiện kinh tế – xã hội của địa phương hay không? Căn cứ vào các mục tiêu cụ thể của chương trình, Kiểm toán viên thiết lập các tiêu chuẩn đánh giá tình hình thực hiện mục tiêu của chương trình. Các tiêu chuẩn có thể được thể hiện dưới dạng các câu hỏi mà KTV phải tìm ra câu trả lời bằng phương pháp tự tìm kiếm hoặc thông qua phỏng vấn, điều tra. Để có thể thiết lập các tiêu chuẩn đánh giá hợp lý KTV phải thể hiện rõ các tiêu chí của chương trình. Chẳng hạn tiêu chí về mù chữ thì trình độ do người học đạt đến mức độ nào thì được gọi là hết mù chữ… Hơn nữa cần xem xét đến khả năng có thể có sự khác nhau về tiêu chí thực hiện ở mỗi nghành, mỗi địa phương.
Trong quá trình tổ chức thực hiện các CTMT ngoài nguồn kinh phí do ngân sách cấp, các đơn vị thường được huy động các nguồn lực (kinh phí, ngày công lao động, các yếu tố vật chất…) khác để đạt được các mục tiêu của chương trình. Việc bố trí sử dụng các nguồn lực một cách hợp lý có tác động trực tiếp đến hiệu quả của chương trình. Do đó kiểm toán viên phải xác định xem việc phân bổ, sử dụng các nguồn lực cho các dự án có hợp lý, có tương ứng với tầm quan trọng và kết quả đạt được hay không? Ngoài ra còn phải xem xét tới khả năng huy động và tận dụng các nguồn lực của nghành, địa phương, khả năng lồng ghép các nguồn lực và tập trung nguồn lực cho mục tiêu ưu tiên.
Có thể xem xét đánh gía việc sử dụng các nguồn lực thông qua một số chỉ tiêu cơ bản sau:
Các nguồn nhân lực: nhân viên quản lý, nhân viên trực tiếp thực hiện, người dân được huy động để thực hiện chương trình. Đối với nguồn lực này KTV cần xem xét, đánh giá tác động của nó tới công tác quản lý, điều hành và thực hiện chương trình, mức độ thích ứng về cách tổ chức.
Để có thể đánh giá chính xác việc sử dụng các nguồn lực KTV cần phải kiểm tra các tài liệu từ khâu lập dự án, lập dự toán kinh phí đến khâu ra quyết định, giao chỉ tiêu cho các đơn vị quản lý, thực hiện dự án. So sánh các chỉ tiêu về nguồn lực với thực tế thực hiện. Xem xét khả năng huy động các nguồn lực, khả năng lồng gép và phối hợp các nguồn lực, sự tập trung nguồn lực cho mục tiêu ưu tiên. Đánh giá các biện pháp sử dụng các nguồn lực tại các đơn vị quản lý, thể hiện dự án.
Thông thường các CTMT đều có sự tham gia quản lý, kiểm soát và thực hiện của nhiều nghành, nhiều cấp, nhiều đoàn thể khác nhau. Do vậy cần phải xem xét, đánh giá việc tổ chức thực hiện CTMT có đảm bảo tốt tính kinh tế hay không? để có thể đánh giá đúng công tác tổ chức thực hiện CTMT, KTV phải xem xét trên một số khía cạnh chủ yếu sau:
Trình tự kiểm tra.
Hiệu quả của công tác quản lý, kiểm tra, giám sát việc thực hiện CTMT có tác động thưc tiếp đến hiệu quả của chương trình, đảm bảo cho chương trình thực hiện đúng mục tiêu. Đặc biệt là với cơ chế phân cấp quản lý toàn diện cho các địa phương như hiện nay thì việc kiểm tra, giám sát lại càng quan trọng hơn. Bởi vậy đây là một trọng tâm kiểm toán mà KTV cần quan tâm. Khi kiểm toán, KTV phải kiểm tra, đánh giá một số nội dung cụ thể sau:
Chương trình mục tiêu quốc gia được tổ chức thực hiện nhằm giải quyết những mục tiêu kinh tế – xã hội nhất định nằm trong chiến lược chung về phát triển kinh tế – xã hội của đất nước. Mục tiêu đó có đạt được hay không và đạt tới đâu phụ thuộc vào quá trình thực hiện chương trình, bao gồm việc sử dụng các nguồn lực, việc tổ chức thực hiện, việc quản lý, kiểm tra, giám sát thực hiện chương trình. Bởi vậy kiểm toán các chương trình cần phải coi trọng kiểm toán quá trình thực hiện chương trình, tức là phải đánh giá việc thực hiện chương trình trên các giác độ kinh tế, tính hiệu quả và tính hiệu lực.