1- Kể từ ngày 01 tháng 01 năm 1999 hàng hoá được phép xuất khẩu, nhập khẩu của cá nhân, tổ chức khi làm thủ tục Hải quan phải thực hiện theo đúng các bước và trình tự như tại phần II quy trình này ở tất cả các địa điểm làm thủ tục Hải quan.
2- Người khai báo Hải quan khi làm thủ tục Hải quan phải tự kê khai, tự tính thuế, tự nộp thuế và chịu trách nhiệm trước pháp luật về việc khai báo của mình.
3- Cơ quan Hải quan căn cứ vào kết quả tính thuế của người khai báo Hải quan để ra thông báo thuế đối với trường hợp được ân hạn về thời gian, được sự bảo lãnh của ngân hàng hoặc tiếp nhận chứng từ đã nộp thuế đối với hàng nộp thuế trước khi giải phóng hàng.
4- Cơ quan Hải quan có trách nhiệm kiểm tra trước, kiểm tra trong khi làm thủ tục hải quan và kiểm tra sau thông quan, xử lý kịp thời các trường hợp vi phạm Luật thuế, pháp lệnh thuế liên quan đến hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu và vi phạm các văn bản pháp quy, quy định của ngành Hải quan.
5- Cơ chế hành thu được xây dựng và thực hiện theo các nguyên tắc:
- Chặt chẽ, đúng chính sách, pháp luật.
- Thông thoáng, nhanh chóng, thuận tiện.
- Dân chủ, bình đẳng.
- Không phiền hà, tiêu cực.
- Phát huy vai trò tự chủ, tự chịu trách nhiệm của người khai báo hải quan; vai trò trách nhiệm giám sát, kiểm tra của hải quan.
Quy trình hành thu bao gồm 4 bước và trình tự như sau:
Bước1: Người khai báo hải quan tự kê khai, tính thuế, nộp thuế:
- Bộ hồ sơ khai báo với Hải quan gồm các loại giấy tờ phải nộp hoặc xuất trình khi làm thủ tục Hải quan theo quy định.
- Người khai báo hải quan tự kê khai đầy đủ chính xác nội dung những tiêu thức ghi trên tờ khai hàng hoá xuất nhập khẩu theo như bản hướng dẫn đính kèm tờ khai.
- Dựa vào căn cứ tính thuế đã kê khai và xác định mã số, thuế xuất, giá tính thuế theo quy định để tự tính toán số thuế phải nộp của từng loại thuế.
Bước 2: Tiếp nhận đăng ký tờ khai hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu.
- Tiếp nhận hồ sơ.
- Kiểm tra bộ hồ sơ và tờ khai Hải quan đã đầy đủ chính xác đảm bảo hợp pháp, hợp lệ cho một bộ chứng từ làm thủ tục Hải quan theo quy định của từng loại hình XNK.
- Nếu bộ hồ sơ đầy đủ điều kiện thì cho đăng ký tờ khai.
- Phân loại hồ sơ hàng hoá theo luồng (luồng xanh, luồng vàng, luồng đỏ).
- Chuyển bộ hồ sơ cho bộ phận thuế.
- Chuyển những nghi vấn, lập biên bản vi phạm đến các bộ phận có liên quan xử lý.
Bước 3: Thu thuế - Kiểm hoá - Giải phóng hàng:
- Căn cứ các quy định của pháp luật về thời gian nộp thuế, trên cơ sở số thuế phải nộp do người khai báo hải quan tự tính, cơ quan Hải quan ra thông báo thuế và yêu cầu đối tượng nộp thuế thực hiện theo đúng quy định.
- Bộ hồ sơ được chuyển đến bộ phận kiểm hoá và tiến hành kiểm hoá theo đúng nguyên tắc được quy định.
- Chuyển các nghi vấn, biên bản vi phạm đến các bộ phận liên quan để xử lý.
- Giải phóng hàng sau khi đã:
+ Nộp thuế hoặc bảo lãnh được chấp nhận đối với hàng phải nộp thuế ngay.
+ Có thông báo thuế đối với hàng được ân hạn về thời gian nộp thuế.
- Giám sát việc giải phóng hàng.
- Chuyển hồ sơ tới bộ phận thuế.
Bước 4: Kiểm tra - Xử lý vi phạm
- Kiểm tra kết quả tự kê khai, tự tính thuế của người khai báo hải quan.
- Căn cứ kết quả kiểm hoá, các nguyên tắc xác định mã số, thuế xuất, giá tính thuế và khai báo của người khai báo hải quan xác định đúng số thuế phải nộp.
- Xử lý các vi phạm về thuế.
- Ra quyết định điều chỉnh số thuế phải nộp.
- Kế toán thu nộp thuế.
- Phúc tập, xác định hồ sơ phải kiểm tra tiếp các khâu liên quan sau khi thông quan.
- Sắp xếp lưu trữ hồ sơ.
