Vụ Kế hoạch có chức năng giúp việc Bộ trưởng quản lý Nhà nước về lĩnh vực kế hoạch và đầu tư xây dựng cơ bản trong ngành y tế. Vụ có các nhiệm vụ sau đây:

1. Lập quy hoạch phát triển ngành trong phạm vi cả nước, hướng dẫn các địa phương, các ngành xây dựng quy hoạch y tế thuộc phạm vi quản lý của mình.

2. Hướng dẫn các đơn vị, các địa phương xây dựng kế hoạch theo trình tự quy định. Tổng hợp, cân đối dự án kế hoạch của các đơn vị trực thuộc Bộ cũng như của địa phương và các ngành. Khai thác mọi khả năng trong và ngoài nước để lập kế hoạch dài hạn 5 năm và hàng năm của ngành - bao gồm kế hoạch phát triển hoạt động chuyên môn, kế hoạch mạng lưới, kế hoạch lao động, kế hoạch khoa học kỹ thuật và đào tạo, kế hoạch sản xuất kinh doanh, kế hoạch đảm bảo vật chất kỹ thuật, kế hoạch tài chính, kế hoạch đầu tư xây dựng cơ bản, kế hoạch hợp tác quốc tế v.v...; Kế hoạch theo vùng; Kế hoạch động viên thời chiến, kế hoạch theo các nhiệm vụ trọng tâm hoặc đột xuất. Tổ chức bảo vệ kế hoạch, thông báo chỉ tiêu kế hoạch cho các đơn vị sau khi đã được Bộ và Nhà nước xét duyệt. Theo dõi kiểm tra đôn đốc việc thực hiện kế hoạch, kịp thời phát hiện những mất cân đối để trình Bộ và Nhà nước điều chỉnh. Thực hiện các thủ tục, hồ sơ để trình Bộ xét duyệt hoàn thành kế hoạch cho các đơn vị cơ sở thuộc Bộ quản lý.

3. Hướng dẫn thống nhất việc thực hiện các chế độ, phương pháp kế hoạch hoá do Nhà nước ban hành. Xây dựng và hướng dẫn các chế độ nghiệp công tác kế hoạch và các chế độ thể lệ trọng tài kinh tế trong ngành.

4. Lập các phương án, kế hoạch động viên quân sự thời bình và thời chiến, bảo vệ trị an, phòng thủ dân sự, huấn luyện quân sự v.v... và quy chế thực hiện luật nghĩa vụ quân sự trong ngành, quản lý đội ngũ sĩ quan và quân dự bị.

5. Hướng dẫn các nguyên tắc, chế độ thể lệ nghiệp vụ quản lý xây dựng cơ bản, quản lý các công trình y tế trong ngành. Xây dựng quy chế, quy trình tiến hành các thủ tục trình Bộ hoặc Nhà nước duyệt các công trình y tế. Quản lý quy hoạch tổng thể các công trình xây dựng trực thuộc Bộ.

6. Tổ chức thực hiện công tác thống kê trong toàn ngành xây dựng nguyên tắc, thể lệ và thống kê y tế và chế độ sử dụng số liệu thống kê của ngành. Ban hành và thống nhất quản lý các biểu mẫu và phương pháp thống kê y tế. Tổng hợp, phân tích, đánh giá các số liệu thống kê y tế. Kiểm tra, đánh giá qua các số liệu thực hiện kế hoạch và thông báo tình hình thực hiện kế hoạch. Là đầu mối duy nhất ban hành các số liệu về hoạt động của ngành y tế Việt Nam.

Xây dựng và quản lý hoạt động của tổ thống kê và máy vi tính.

Vụ Tài chính - kế toán có chức năng giúp việc Bộ trưởng quản lý Nhà nước về lĩnh vực Tài chính và Kế toán trong ngành y tế. Vụ có các nhiệm vụ sau đây:

1. Lập phương án thu chi và tổng hợp dự toán thu chi tài chính các đơn vị trực thuộc và tổng hợp dự toán ngân sách toàn ngành.

2. Xét duyệt dự toán ngân sách của các đơn vị trực thuộc Bộ, thực hiện kế hoạch, cấp phát điều hoà các loại vốn của các đơn vị trực thuộc (kể cả ngoại tệ).

3. Tổng hợp ngân sách toàn ngành, xét duyệt quyết toán của các đơn vị trực thuộc, và báo cáo quyết toán lên cơ quan cấp trên.

4. Chuẩn bị thủ tục trình Bộ ban hành giá các loại thuộc quyền Bộ quyết. Tổng hợp phân tích đánh giá hoạt động kinh tế trong toàn ngành.

5. Hướng dẫn và tổ chức kiểm tra nhanh, tham gia kiểm tra sâu việc chấp hành các chế độ chi tiêu tài chính, chế độ kế toán trong các đơn vị trực thuộc. Hướng dẫn tổ chức bộ máy kế toán thực hiện việc ghi chép các biểu mẫu, sổ sách chứng từ báo biểu kế toán trong ngành theo chế độ của Nhà nước quy định.

6. Xây dựng các chế độ định mức chi tiêu tài chính, chế độ quản lý sử dụng tài sản, vật tư, tiền vốn để trình Bộ ban hành.

7. Tổ chức chỉ đạo tổng kiểm kê, điều động và thanh xử lý tài sản vật tư thuộc phạm vi quản lý của Bộ.

8. Theo dõi tổng hợp các hoạt động về tài chính của khối sản xuất kinh doanh để quản lý theo chức năng được giao tạo điều kiện thuận tiện cho khối này thực hiện các chế độ của Nhà nước quy định.

9. Thực hiện việc đào tạo, bồi dưỡng kế toán trưởng và cán bộ kế toán tài chính nhằm thường xuyên nâng cao nghiệp vụ cho đội ngũ kế toán của ngành.

Vụ Kế hoạch và Vụ Tài chính Kế toán mỗi vụ có: 1 Vụ trưởng và từ 1 đến 2 Phó vụ trưởng giúp việc.

Đồng chí Vụ trưởng Vụ Kế hoạch và Vụ trưởng Vụ Kế toán - Tài chính bàn bạc sắp xếp bộ máy tổ chức và biên chế lao động cho từng vụ trên cơ sở tổng số biên chế hiện có của Vụ Kế hoạch - Tài chính để trình Bộ và tổ chức thực hiện.

Quyết định này có hiệu lực kể từ ngày ban hành và thay thế cho phần quy định về chức năng nhiệm vụ của Vụ Kế hoạch - Tài chính trong quyết định số 868-BYT/QĐ ngày 1 tháng 10 năm 1988 của Bộ Y tế.

Các đồng chí Chánh Văn phòng, Vụ trưởng các Vụ Tổ chức, Lao động, Vụ Kế hoạch - Tài chính và các Vụ, Ban trong cơ quan Bộ chịu trách nhiệm thi hành Quyết định này.