hệ thống chứng từ ban đầu là một trong những căn cứ pháp lý quan trọng để lập báo cáo quyết toán của các đối tượng nộp thuế. Tuy nhiên tình hình sử dụng hóa đơn chứng từ kế toán không đúng quy định của bộ tài chính hoặc không được cơ quan có thẩm quyền cho phép, kể cả việc gian dối nội dung kinh tế trên hoá đơn, sử dụng hoá đơn giả… tình hình này ngày càng nổi cộm.
Ví dụ: Theo số liệu của cơ quan chức năng tỉnh Đồng Nai, tính đến tháng 8/ 2001, có đến 22 doanh nghiệp hoạt động trên địa bàn lợi dụng sự thông thoáng của luật doang nghiệp, làm trò “ảo thuật” qua 260 cuốn hoá đơn khống để hoàn thúê GTGT chiếm đoạt tiền NSNN, thực hiện hành vi đó chủ yếu là các công ty TNHH và doang nghiệp tư nhân:
- Công ty TNHH PT với 30 cuốn hoá đơn được sử dụng đạt doanh số 460 tỷ đồng, tạo điều kiện cho hàng trăm công ty lớn nhỏ làm ăn bất chính ở khắp 3 miền (Bắc – Trung – Nam).
- Công ty TNHH LTI với 35 cuốn hoá đơn khống với doanh số gần 299 tỷ đồng….
Tại Hà Nội: Theo báo cáo của sở kế hoạch Đầu tư Hà Nội năm 2002 Cục thuế thành phố phát hiện 124 chủ doang nghiệp bỏ trốn mang theo 31.735 số hoá đơn.
Như vậy việc lợi dụng kẽ hở của pháp luật để ăn gian dối, trục lợi cá nhân, tham nhũng và bòn rút NSNN của các đối tượng có sử dụng hóa đơn đơn chứng từ ngày càng phức tạp, nghiêm trọng và thách thức Luật pháp, gây hậu quả khôn lường.
Có nhiều nguyên nhân khác nhau dẫn tới sai phạm làm thất thoát NSNN nhưng tựa chung đều lợi dụng kẽ hở của luật doanh nghiệp và luật thuế GTGT: quy trình quản lý, in, phát hành và sử dụng hoá đơn chậm, một số văn bản quản lý sử dụng hoá đơn chưa phù hợp với tình hình thực tế…
Nhằm tăng cương hơn nữa công tác quản lý, sử dụng ấn chỉ của cơ quan thuế, duy trì kỷ cương trong quản lý ấn chỉ thuế đáp ứng yêu cầu quản lý tài chính vĩ mô nền kinh tế, thúc đẩy các đơn vị sản xuất kinh doanh thực hiện nghiêm chỉnh chế độ kế toán, chế độ quản lý, sử dụng hoá đơn chứng từ đảm bảo quyền lợi hợp pháp của các tổ chức kinh tế, các đơn vị sự nghiệp, và các cá nhân trong hoạt động sản xuất kinh doanh và dịch vụ thuộc mọi thành phần kinh tế. Thông qua công tác kiểm toán hoá đơn, ấn chỉ thuế, tính thuyết phục của bẳng chứng kiểm toán được khẳng định và góp phần nâng cao chất lượng báo cáo kiểm toán của Kiểm toán nhà nước và là cơ sở cho việc thực hiện kiểm toán hoạt động.