Thị trường chứng khoán chính thức được tổ chức theo hình thức Sở giao dịch chứng khoán.
Hiện nay trên thế giới có 3 hình thức tổ chức sở giao dịch chứng khoán.
Thứ nhất
Sở giao dịch chứng khoán được tổ chức theo hình thức "Câu lạc bộ" tự nguyện của các thành viên. Trong hình thức này, các thành viên của sở giao dịch (hội viên) tự tổ chức và tự quản lý sở giao dịch chứng khoán theo pháp luật không có sự can thiệp của nhà nước. Các hội viên của Sở giao dịch bầu ra Hội đồng quản trị và Hội đồng quản trị bầu ra ban điều hành.
Thứ hai
Sở giao dịch chứng khoán được tổ chức dưới hình thức một công ty cổ phần có các cổ đông là các công ty thành viên. Đây là hình thức phổ biến nhất hiện nay. Sở giao dịch chứng khoán tổ chức dưới hình thức này được hoạt động theo luật công ty cổ phần, phải nộp thuế cho nhà nước và chịu sự giám sát của một cơ quan chuyên môn do chính phủ lập ra. Cơ quan chuyên môn này là cơ quan quản lý nhà nước về chứng khoán và thị trường chứng khoán. Quản lý và điều hành sở giao dịch chứng khoán là Hội đồng quản trị do các công ty chứng khoán thành viên bầu ra và ban điều hành sở giao dịch chứng khoán do Hội đồng quản trị đề cử.
Thứ ba
Sở giao dịch chứng khoán được tổ chức dưới dạng một công ty cổ phần nhưng có sự tham gia quản lý và điều hành của nhà nước. Đây là hình thức phổ biến ở hầu hết các nước Châu á. Cơ cấu tổ chức và quản lý điều hành cũng tương tự như hình thức trên nhưng trong thành phần Hội đồng quản trị có một số thành viên do uỷ ban chứng khoán quốc gia đưa vào, giám sát điều hành. Sở giao dịch chứng khoán quốc gia bổ nhiệm.
Uỷ ban chứng khoán quốc gia là cơ quan quản lý nhà nước về thị trường chứng khoán do chính phủ thành lập. Uỷ ban chứng khoán quốc gia có nhiệm vụ xác định loại doanh nghiệp nào được phép phát hành chứng khoán và loại chứng khoán nào được mua bán. Uỷ ban này cấp giấy phép và kiểm tra hoạt động của các công ty môi giới và thực hiện các công việc quản lý nhà nước khác.
Hội đồng quản trị và ban điều hành sở giao dịch chứng khoán quản lý và điều hành sở giao dịch chứng khoán. Tất cả các quyết định đều được Hội đồng quản trị đưa ra. Hội đồng này bao gồm các công ty chứng khoán thành viên của sở giao dịch chứng khoán, các thành viên liên doanh thậm chí có một số không phải là thành viên của sở giao dịch chứng khoán do Uỷ ban chứng khoán quốc gia đưa vào. Hội đồng quản trị có quyền quyết định nhưng thành viên nào được phép buôn bán tại sở giao dịch, những loại chứng khoán nào đủ tiêu chuẩn được phép niêm yết tại phòng giao dịch. Hội đồng này có quyền đình chỉ hoặc huỷ bỏ việc niêm yết một chứng khoán nào đó. Hội đồng quản trị có quyền kiểm tra qu á trình kinh doanh của các thành viên sở giao dịch. Nếu phát hiện vi phạm, Hội đồng quản trị có quyền phạt hoặc đình chỉ việc kinh doanh của thành viên trong một thời gian nhất định hoặc trục xuất không cho phép mua bán trên sở giao dịch. Nếu phát hiện vi phạm, Hội đồng quản trị có quyền phạt hoặc đình chỉ việc kinh doanh của thành viên trong một thời gian nhất định hoặc trục xuất không cho phép mua bán trên sở giao dịch chứng khoán nữa.
Thành viên sở giao dịch chứng khoán có thể là các cá nhân hoặc các công ty chứng khoán. Để trở thành thành viên của sở giao dịch chứng khoán trước hết công ty phải được công ty có thẩm quyền của nhà nước cấp giấy phép hoạt động. Phải có số vốn tối thiểu theo quy định, có chuyên gia kinh tế, pháp lý đã được đào tạo về phân tích và kinh doanh chứng khoán. Ngoài ra công ty còn phải thoả mãn các yêu cầu của từng sở giao dịch chứng khoán cụ thể. Một công ty chứng khoán có thể là thành viên của nhiều sở giao dịch chứng khoán khác nhau nhưng không được là thành viên của thị trường chứng khoán phi tập trung và ngược lại công ty chứng khoán có thể thực hiện một hay nhiều nghiệp vụ khác nhau trên thị trường chứng khoán.
Để đảm bảo cho các giao dịch được công bằng đảm bảo lợi ích của các nhà đầu tư, sở giao dịch chứng khoán có một bộ phận chuyên theo dõi giám sát các giao dịch chứng khoán để ngăn chặn kịp thời các vi phạm trong giao dịch chứng khoán. Nhiệm vụ chủ yếu của các bộ phận giám sát là kiểm tra theo dõi và ngăn chặn kịp thời các hoạt động tiêu cực như gây nhiễu giá, giao dịch tay trong, giao dịch lòng vòng, giao dịch có dàn xếp trước.
