Căn cứ Điều 6, Pháp lệnh hải quan ngày 24/2/1990.
Căn cứ Điều 3 Nghị định số 36/CP ngày 24/04/1997 của Chính phủ về ban hành quy chế Khu công nghiệp, Khu chế xuất, Khu công nghệ cao.
Thực hiện Chỉ thị của Thủ tướng Chính phủ số 264/TTg ngày 24/04/1997 về việc ban hành các văn bản hướng dẫn và triển khai một số công việc thực hiện quy chế Khu công nghiệp, Khu chế xuất, Khu công nghệ cao.
Tổng cục Hải quan hướng dẫn cụ thể việc thi hành một số điều về quy chế Khu công nghiệp, Khu chế xuất, Khu công nghệ cao của Chính phủ liên quan đến công tác quản lý nhà nước về Hải quan như sau.
1. Tất cả hàng hoá của doanh nghiệp Khu công nghiệp, Khu chế xuất, Khu công nghệ cao (dưới đây gọi chung là Khu công nghiệp) khi xuất khẩu, nhập khẩu, hàng đưa từ ngoài Khu công nghiệp vào Khu công nghiệp hoặc hàng từ Khu công nghiệp chuyển ra ngoài khu công nghiệp đều phải phù hợp với quyết định chấp thuận đầu tư hoặc giấy phép đầu tư/văn bản phê duyệt kế hoạch xuất nhập khẩu của Bộ Thương mại cấp (đối với trường hợp những Khu công nghiệp chưa được Bộ Thương mại uỷ quyền) hoặc của Ban quản lý Khu công nghiệp (đối với trường hợp những Khu công nghiệp đã được Bộ Thương mại uỷ quyền) và phải chịu sự kiểm tra, giám sát của Hải quan theo quy định.
2. Mỗi Khu công nghiệp có một đơn vị Hải quan Khu công nghiệp cấp cửa khẩu trực thuộc Hải quan Tỉnh, Thành phố nơi có Khu công nghiệp. Trường hợp tại một tỉnh, thành phố có cụm Khu công nghiệp bao gồm nhiều Khu công nghiệp ở gần nhau thì chỉ thành lập một đơn vị Hải quan để thực hiện chức năng quản lý của Hải quan đối với cụm Khu công nghiệp đó.
3. Hàng hoá từ nước ngoài nhập khẩu và từ nội địa đưa vào khu công nghiệp và hàng hoá từ khu công nghiệp xuất khẩu ra nước ngoài và đưa ra nội địa được làm thủ tục Hải quan tại Hải quan khu công nghiệp. Quy trình thủ tục Hải quan, chế độ giám sát, quản lý Hải quan đối với hàng hoá xuất nhập khẩu của các doanh nghiệp trong khu công nghiệp được áp dụng theo các loại hình kinh doanh tương ứng của doanh nghiệp.
4. Hàng hoá xuất nhập khẩu của các doanh nghiệp khu công nghiệp vận chuyển từ địa điểm kiểm tra của Hải quan khu công nghiệp đến cửa khẩu và ngược lại thực hiện theo phương thức Container, thùng và kiện hàng có niêm phong Hải quan. Trong những trường hợp cần thiết, có nhân viên Hải quan áp tải. Việc làm thủ tục Hải quan cho các lô hàng này thực hiện như quy định tại các Điều 8, 9, 10 quy chế địa điểm kiểm tra hàng hoá ngoài khu vực cửa khẩu ban hành kèm theo Quyết định số: 86/QĐ-TCHQ ngày 29/04/1997 của Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan.
5. Tuỳ theo tính chất và điều kiện của từng khu công nghiệp và theo đề nghị của công ty phát triển hạ tầng, cơ quan Hải quan có thể cho phép thành lập các địa điểm kiểm tra chung tại khu công nghiệp. Trong trường hợp này các doanh nghiệp trong khu công nghiệp khi làm thủ tục kiểm hoá hàng xuất nhập khẩu phải đưa hàng đến các địa điểm này để làm thủ tục kiểm hoá theo quy định.
6. Các doanh nghiệp khu công nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài chủ yếu sản xuất hàng xuất khẩu nếu có nhu cầu và có đủ điều kiện theo quy định tại Thông tư số 111/TCHQ-TT ngày 28/05/1997 của Tổng cục Hải quan hướng dẫn thi hành Nghị định 12/CP được phép thành lập Kho bảo thuế tại xí nghiệp.
7. Trong khu công nghiệp có thể có Kho ngoại quan. Thủ tục thành lập và hoạt động Kho ngoại quan trong từng khu công nghiệp thực hiện theo quy định của Thủ tướng Chính phủ tại Quyết định 104/TTg ngày 16/3/1994 và các văn bản hướng dẫn của Tổng cục Hải quan.
8. Các doanh nghiệp hoạt động trong khu công nghiệp trên cơ sở từng loại hình kinh doanh khi xuất khẩu, nhập khẩu hàng hoá phải thực hiện đầy đủ nghĩa vụ nộp thuế xuất khẩu, nhập khẩu và các loại thuế, lệ phí khác theo quy định của pháp luật hiện hành của Việt Nam.
9. Điều 38 Nghị định 36/CP quy định: "Hàng hoá, hành lý và ngoại hối từ nước ngoài nhập khẩu vào Khu chế xuất hoặc doanh nghiệp chế xuất (trực tiếp hoặc qua các cửa khẩu của Việt Nam) và từ Khu chế xuất hoặc doanh nghiệp chế xuất xuất khẩu ra nước ngoài (trực tiếp hoặc qua các cửa khẩu của Việt Nam) được miễn thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu; phải chịu sự kiểm tra, giám sát về hải quan theo các qui định của pháp luật Hải quan Việt Nam và phải nộp lệ phí hải quan (nếu có)", Tổng cục Hải quan hướng dẫn như sau:
a) Hàng hoá xuất nhập khẩu của doanh nghiệp chế xuất (bao gồm hàng hoá nhập khẩu để xây dựng cơ bản hình thành xí nghiệp, hàng hoá nhập khẩu để sản xuất và sản phẩm xuất khẩu) được miễn thuế xuất khẩu, nhập khẩu. Hải quan căn cứ vào văn bản phê duyệt của Ban quản lý khu công nghiệp (đối với trường hợp các Khu chế xuất, Khu công nghiệp này đã được Bộ Thương mại uỷ quyền cấp văn bản phê duyệt kế hoạch xuất, nhập khẩu) hoặc văn bản của Bộ Thương mại (đối với trường hợp những khu chế xuất, Khu công nghiệp chưa được Bộ Thương mại uỷ quyền) để làm thủ tục Hải quan xuất nhập khẩu hàng theo quy chế Hải quan Khu chế xuất ban hành kèm theo Quyết định số: 66/TCHQ-GSQL ngày 28/06/1996 của Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan và các quy định tại Thông tư này.
b) Hành lý, ngoại hối của người nước ngoài làm việc trong khu chế xuất hoặc doanh nghiệp chế xuất đưa vào Việt Nam khi nhập cảnh và đem ra nước ngoài khi xuất cảnh được làm thủ tục Hải quan tại cơ quan Hải quan cửa khẩu của Việt Nam theo quy định đối với hành khách xuất nhập cảnh.
c) Hành lý, ngoại hối của những người được phép vào, ra Khu chế xuất/xí nghiệp chế xuất đưa vào hoặc đưa ra khỏi Khu chế xuất/xí nghiệp chế xuất phải chịu sự giám sát của Hải quan Khu chế xuất/xí nghiệp chế xuất, không phải khai báo Hải quan nhưng Hải quan có quyền yêu cầu kiểm tra trong trường hợp xét thấy cần thiết.
10. Điều 40, Nghị định 36-CP qui định: Quan hệ trao đổi hàng hoá giữa các doanh nghiệp trong thị trường nội địa với các doanh nghiệp chế xuất được coi là quan hệ xuất khẩu, nhập khẩu và phải tuân thủ các qui định của pháp luật xuất khẩu, nhập khẩu Việt Nam nhưng được miễn thủ tục xét duyệt kế hoạch xuất nhập khẩu. "Hàng hoá" quy định ở điều này được hiểu là chỉ bao gồm những loại hàng hoá sau đây:
a) Nguyên liệu, vật tư, phụ tùng doanh nghiệp chế xuất mua ở thị trường nội địa để phục vụ cho sản xuất của chính xí nghiệp chế xuất.
b) Lương thực, thực phẩm, văn phòng phẩm xí nghiệp chế xuất mua ở thị trường nội địa để phục vụ sinh hoạt và hoạt động của bộ máy văn phòng.
Những hàng hoá nêu ở điểm a và b trên đây phải là hàng hoá được sản xuất tại Việt Nam hoặc có nguồn gốc nhập khẩu hợp pháp, được lưu thông tại thị trường Việt Nam.
c) Phế liệu, phế phẩm còn giá trị thương mại của Khu chế xuất hoặc doanh nghiệp chế xuất được tiêu thụ vào thị trường nội địa.
Đối với các loại hàng hoá nêu ở điểm a và c trên đây: (i) Phải có văn bản phê duyệt của Ban quản lý Khu chế xuất/Khu công nghiệp; (ii) Hàng (a) phải nộp thuế xuất khẩu và các loại thuế, lệ phí liên quan; (iii) Loại hàng (c) phải nộp thuế nhập khẩu và các loại thuế, lệ phí liên quan. Giá tính thuế là giá trị thực của phế liệu, phế thải; (iv) Phải có hợp đồng mua bán với thành phần kinh tế có đủ tư cách pháp nhân của Việt Nam.
Đối với loại hàng nêu ở điểm b:
(i) Không phải phê duyệt của Ban quản lý Khu công nghiệp/Khu chế xuất, Hải quan giải quyết trực tiếp, ghi vào sổ theo dõi; (ii) không phải có hợp đồng kinh tế nhưng phải nộp hoá đơn mua hàng hợp lệ; (iii) Không phải nộp thuế.
Đối với hàng hoá (sản phẩm do xí nghiệp chế xuất sản phẩm ra) bán vào thị trường nội địa coi như hàng nhập khẩu: (i) Phải có văn bản phê duyệt của Bộ Thương mại; (ii) Phải có hợp đồng mua bán với tổ chức kinh tế được Bộ Thương mại cho phép; (iii) Phải nộp thuế như hàng nhập khẩu.
11. Việc mua bán hàng hoá giữa các doanh nghiệp trong cùng một Khu chế xuất hoặc giữa doanh nghiệp chế xuất và doanh nghiệp khu công nghiệp trong cùng một Khu công nghiệp hoặc Khu công nghiệp cao được quy định như sau:
Việc trao đổi hàng hoá giữa các doanh nghiệp trong cùng một Khu chế xuất được tiến hành bình thường, (i) phải làm thủ tục hải quan; (ii) phải được Ban quản lý Khu chế xuất cho phép.
Việc trao đổi hàng hoá giữa doanh nghiệp chế xuất với doanh nghiệp Khu công nghiệp hoặc Khu công nghệ cao:
a) Nếu doanh nghiệp khu công nghiệp mua để xuất khẩu hoặc sản xuất hàng xuất khẩu: (i) Phải có văn bản của Ban quản lý khu công nghiệp; (ii) Coi như hàng doanh nghiệp chế xuất xuất khẩu, doanh nghiệp khu công nghiệp nhập khẩu: Doanh nghiệp khu công nghiệp phải nộp thuế nhập khẩu, sau này xuất khẩu được hoàn thuế tương ứng. Hoặc được hưởng chế độ bảo thuế (nếu có Kho bảo thuế).
b) Nếu doanh nghiệp Khu công nghiệp mua để tiêu thụ nội địa: Coi như hàng nhập khẩu vào Việt Nam; (i) phải có văn bản của Ban quản lý khu công nghiệp; (ii) Phải nộp thuế nhập khẩu và các loại thuế, lệ phí liên quan hàng nhập khẩu.
c) Nếu doanh nghiệp khu công nghiệp bán hàng cho doanh nghiệp chế xuất để xuất khẩu: Coi như hàng xuất khẩu: (i) Phải có văn bản của Ban quản lý Khu công nghiệp; (ii) nếu đã nộp thuế nhập khẩu nguyên liệu, vật tư thì được hoàn thuế tương ứng; (iii) nếu thuộc diện bảo thuế thì được thanh khoản như đã xuất khẩu.
12. Hàng hoá của các doanh nghiệp chế xuất xuất khẩu ra nước ngoài và nhập khẩu từ nước ngoài vào Khu chế xuất hoặc doanh nghiệp chế xuất nếu hợp đồng yêu cầu có C/O thì khi làm thủ tục Hải quan tại cơ quan Hải quan Khu công nghiệp doanh nghiệp phải nộp giấy chứng nhận xuất xứ hàng hoá hợp lệ của tổ chức có thẩm quyền cấp.
13. Các doanh nghiệp chế xuất được ký hợp đồng gia công và các hợp đồng dịch vụ với các doanh nghiệp Việt Nam thuộc các thành phần kinh tế có tư cách pháp nhân và các doanh nghiệp có vốn đầu tư nước theo các quy định của pháp luật.
Các xí nghiệp trong Khu chế xuất nhận gia công cho các doanh nghiệp Việt Nam nếu có cung ứng thêm một phần nguyên phụ liệu thì khi trả sản phẩm gia công cho phía Việt Nam, các công ty Việt Nam phải nộp thuế nhập khẩu đối với các nguyên phụ liệu cung ứng thêm này. Ngược lại, khu doanh nghiệp Việt Nam thực hiện hợp đồng gia công cho xí nghiệp chế xuất, nếu có cung ứng thêm một phần nguyên phụ liệu thì các Công ty Việt Nam phải nộp thuế xuất khẩu đối với các nguyên phụ liệu cung ứng thêm này. Việc bên nhận gia công cung ứng thêm nguyên phụ liệu phải được thể hiện trong hợp đồng gia công. Hải quan Khu chế xuất (hoặc Hải quan Khu công nghiệp) dựa vào nguyên tắc quy định về xác định định mức để đối chiếu định mức tiêu hao nguyên phụ liệu thực tế của mỗi đơn vị sản phẩm trừ đi phần nguyên liệu đã được bên thuê cung ứng thêm.