Căn cứ vào Nghị định số 87/CP ngày 19/12/1996 của Chính Phủ hướng dẫn Luật ngân sách Nhà nước và các Quyết định của Thủ tướng Chính phủ: số 419/TTg ngày 21/7/1995 về Cơ chế quản lý các hoạt động nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ, số 363/TTg ngày 30/5/1996 phê duyệt Danh mục các Chương trình khoa học công nghệ và các nhiệm vụ khoa học công nghệ trọng điểm giai đoạn 5 năm 1996-2000, số 716/TTg ngày 30/9/1996 phê duyệt phương hướng nghiên cứu và danh mục các Chương trình khoa học cấp Nhà nước về khoa học xã hội - nhân văn giai đoạn 5 năm 1996-2000. Bộ Tài chính hướng dẫn quản lý tài chính các Chương trình khoa học công nghệ cấp Nhà nước giai đoạn 1996-2000 như sau:
1. Kinh phí thực hiện Chương trình để chi cho các nội dung sau:
Chi cho công tác nghiên cứu của các Đề tài nghiên cứu, ứng dụng - Chi cho hoạt động chung của Chương trình như: tổ chức hội thảo khoa học, lấy ý kiến tham gia của các nhà khoa học, kiểm tra đánh giá, viết và in ấn các báo cáo tổng hợp hoạt động khoa học của các Chương trình.
Chi tổ chức các đoàn ra và đón đoàn vào.
2. Công tác lập dự toán:
Lập dự toán kinh phí của Chương trình phải căn cứ vào: nội dung và khối lượng công việc cần triển khai của đề tài và Thông tư liên Bộ số 49/TC-KHCN ngày 1/7/1995 của Bộ Tài Chính và Bộ Khoa học - Công nghệ và Môi trường "Qui định chế độ chi tiêu đối với các hoạt động nghiên cứu triển khai" và các chế độ hiện hành của Nhà nước.
2.1. Dự toán tổng thể của Chương trình:
Các cơ quan chủ trì Đề tài phải lập dự toán toàn bộ kinh phí của Đề tài trong thời gian thực hiện gửi Bộ chủ quản, Ban Chỉ đạo chương trình, Bộ Khoa học - Công nghệ và Môi trường.
Ban chỉ đạo Chương trình lập dự toán kinh phí hoạt động chung của Chương trình bao gồm cả kinh phí hợp tác quốc tế gửi Bộ Tài Chính và Bộ Khoa học, Công nghệ và Môi trường.
Bộ Khoa học, Công nghệ và Môi trường tổng hợp nhu cầu kinh phí của từng Chương trình và toàn bộ các Chương trình gửi Bộ Tài chính.
2.2. Công tác dự toán hàng năm
Hàng năm trên cơ sở dự toán chung của Chương trình, các cơ quan chủ trì, chủ nhiệm Đề tài lập dự toán chi tiết các nội dung chi của Đề tài theo mục lục ngân sách Nhà nước cho năm kế hoạch gửi Bộ chủ quản, Ban Chỉ đạo chương trình , Bộ Khoa học, Công nghệ và Môi trường .
Các Bộ chủ quản duyệt các nội dung chi của từng Đề tài theo mục lục ngân sách Nhà nước và tổng hợp gửi Bộ Tài chính và Bộ Khoa học, Công nghệ và Môi trường.
Bộ Khoa học - Công nghệ và Môi trường phối hợp với Bộ Tài chính thảo luận với các Bộ , Ngành về những nội dung khoa học và dự toán của Đề tài , sau đó tổng hợp dự toán kinh phí của các Chương trình gửi Bộ Tài chính để trình Chính phủ và Quốc hội.
Bộ Tài chính căn cứ vào mức ngân sách Nhà nước đầu tư cho khoa học công nghệ và môi trường được Quốc hội phê duyệt, chủ trì phối hợp với Bộ Khoa học - Công nghệ và Môi trường phân bổ kinh phí cho các nhiệm vụ khoa học thuộc các Chương trình cho các Bộ, Ngành để trình Chính phủ phê duyệt.
3. Công tác cấp phát kinh phí:
Hàng năm, căn cứ vào Thông báo của Chính phủ giao nhiệm vụ chi cho các Bộ, Ngành , Bộ Tài chính cấp kinh phí cho các cơ quan chủ trì Đề tài theo dự toán được duyệt và theo chế độ tài chính hiện hành.
Kinh phí cho hoạt động chung của Chương trình được cấp về cơ quan của Trưởng ban chỉ đạo Chương trình theo dự toán được duyệt.
4. Chế độ báo cáo quyết toán:
Chế độ kế toán , mẫu biểu và quyết toán quí, năm thực hiện theo Quyết định số 999TC/QDCĐKT ngày 2/11/1996 của Bộ trưởng Bộ Tài chính và Thông tư số 09 TC/NSNN ngày 18/3/1997 của Bộ Tài chính "Hướng dẫn thực hiện việc phân cấp, lập, chấp hành và quyết toán ngân sách Nhà nước"
Việc thanh quyết toán phải đảm bảo đúng chế độ, kèm theo các chứng từ chi tiêu cụ thể, phù hợp với nội dung và tiến độ thực hiện Đề tài.
Cơ quan chủ trì Đề tài lập báo cáo quyết toán của từng Đề tài của đơn vị gửi Bộ chủ quản. Bộ chủ quản lập báo cáo quyết toán của các đơn vị chủ trì Đề tài thuộc Bộ mình quản lý gửi cho Bộ Tài chính.
5. Công tác kiểm tra tài chính, kiểm kê tài sản các Đề tài:
Hàng năm Bộ Tài chính sẽ phối hợp với Bộ khoa học Công nghệ và Môi trường và Bộ chủ quản để tiến hành kiểm tra thường xuyên hoặc kiểm tra đột xuất tình hình sử dụng kinh phí của các Đề tài và các nội dung nghiên cứu khoa học của Đề tài. Qua kiểm tra xem xét, đanh giá tình hình sử dụng kinh phí của Đề tài, trường hợp sử dụng kinh phí sai mục đích sẽ kiến nghị cấp có thẩm quyền đình chỉ thực hiện Đề tài và thu hồi kinh phí đã cấp.
Sau khi Chương trình, Đề tài hoàn thành, được đánh giá và nghiệm thu, các cơ quan chủ trì Đề tài phải tiến hành kiểm kê đánh giá tài sản đã mua sắm, xây dựng bằng kinh phí của Đề tài. Bộ Tài chính chủ trì phối hợp với Bộ Khoa học - Công nghệ và Môi trường kiểm tra xem xét và quyết định xử lý các vật tư tài sản theo chế độ hiện hành.
6. Thu hồi kinh phí của Đề tài, dự án SXTTN sử dụng từ quỹ thu hồi:
Các cơ quan thực hiện Đề tài có trách nhiệm thu hồi một phần kinh phí được ngân sách Nhà nước cấp cho các Đề tài do bán các sản phẩm nghiên cứu, chế thử, các phế liệu phế phẩm và vật tư thiết bị không cần dùng trong quá trình thực hiện hoặc khi kết thúc toàn bộ Đề tài .
Đối với các Đề tài có khả năng thu hồi kinh phí, các dự án SXTTN, mức thu hồi và thời hạn thu hồi phải được kế hoạch hoá và được qui định cụ thể trong hợp đồng ký kết giữa Bộ Khoa học - Công nghệ và Môi trường, Bộ chủ quản với chủ nhiệm Đề tài, dự án có sự tham gia của Bộ tài chính, số kinh phí thu hồi được nộp vào ngân sách Nhà nước.
Mức thu hồi kinh phí đối với các Đề tài ứng dụng thuộc các Chương trình và các dự án SXTTN (sử dụng từ quĩ thu hồi) từ 80 đến 100%. Mức thu hồi cụ thể cho từng loại, Bộ Tài chính phối hợp với Bộ Khoa học - Công nghệ và Môi trường sẽ có hướng dẫn riêng.
Riêng đối với Dự án sản xuất, thử nghiệm được sử dụng từ quĩ thu hồi: Hàng năm Bộ Khoa học - Công nghệ và Môi trường lập kế hoạch thu, kế hoạch chi của tưng dự án gửi Bộ Tài Chính để tổng hợp vào kế hoạch thu chi hàng năm và thông báo cho các Bộ, Ngành. Căn cứ vào tiến độ thu nộp vào ngân sách và các hợp đồng đã được ký kết, Bộ Tài chính cấp phát cho các cơ quan chủ trì dự án để thực hiện theo nguyên tắc dùng kinh phí thu hồi các dự án để đầu tư cho các dự án mới.
7. Thù lao cho Ban chỉ đạo Chương trình:
Ban chỉ đạo Chương trình có triển khai hoạt động và thực hiện đầy đủ các nhiệm vụ đã nêu trong Thông tư số 2155 /KH ngày 21/9/1996 "hướng dẫn cơ chế quản lý các Chương trình khoa học công nghệ cấp Nhà nước giai đoạn 5 năm 1996 -2000 " và Công văn số 2619/KCM ngày 06/11/ 1996 "Qui chế về tổ chức và phương thức hoạt động của Ban chỉ đạo Chương trình Khoa học Công nghệ cấp Nhà nước giai doạn 1996-2000" của Bộ Khoa học, Công nghệ và Môi trường thì được nhận khoản thù lao.
Mức thù lao đối với thường trực Ban chỉ đạo Chương trình qui định tạm thời như sau:
Trưởng Ban: 200.000đ/tháng
Phó trưởng ban: 150.000đ/tháng