Đối tượng được hưởng ưu đãi về thuế quy định tại Thông tư này là các hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã và các quỹ tín dụng nhân dân (dưới đây gọi chung là hợp tác xã) được thành lập và cấp giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh theo Luật Hợp tác xã được Quốc hội thông qua ngày 20 tháng 3 năm 1996 và các văn bản hướng dẫn thi hành.

Chế độ ưu đãi của từng sắc thuế áp dụng đối với từng loại hình sản xuất, kinh doanh cụ thể của hợp tác xã được hướng dẫn thực hiện như sau:

a) Hợp tác xã nộp thuế môn bài theo điểm 2, Mục I Thông tư số: 69/TC-TCT ngày 5/11/1996 của Bộ Tài chính.

b) Các cửa hàng, cửa hiệu, đơn vị kinh doanh hạch toán phụ thuộc hợp tác xã nộp thuế môn bài theo điểm 3, Mục I Thông tư số 69/TC-TCT ngày 5/11/1996 của Bộ Tài chính.

c) Xã viên, nhóm xã viên (gọi chung là xã viên) nhận nhiệm vụ hợp tác xã giao thì không phải nộp thuế môn bài riêng. Xã viên hợp tác xã được xác định như sau:

Đối với xã viên hợp tác xã thương mại: phải có đủ điều kiện, quyền lợi và nghĩa vụ của xã viên hợp tác xã theo đúng quy định tại Nghị định số 41/CP ngày 29/4/1997 của Chính phủ ban hành Điều lệ mẫu hợp tác xã thương mại;

Đối với xã viên hợp tác xã nông nghiệp: phải có đủ điều kiện, quyền lợi và nghĩa vụ của xã viên hợp tác xã theo đúng quy định tại Nghị định số 43/CP ngày 29/4/1997 của Chính phủ ban hành Điều lệ mẫu hợp tác xã nông nghiệp;

Đối với xã viên hợp tác xã công nghiệp và xây dựng: phải có đủ điều kiện, quyền lợi và nghĩa vụ của xã viên hợp tác xã theo đúng quy định tại Nghị định số 44/CP ngày 29/4/1997 của Chính phủ ban hành Điều lệ mẫu hợp tác xã công nghiệp và xây dựng;

Đối với xã viên hợp tác xã giao thông vận tải: phải có đủ điều kiện, quyền lợi và nghĩa vụ của xã viên hợp tác xã theo đúng quy định tại Nghị định số 45/CP ngày 29/4/1997 của Chính phủ ban hành Điều lệ mẫu hợp tác xã giao thông vận tải;

Đối với xã viên hợp tác xã thủy sản: phải có đủ điều kiện, quyền lợi và nghĩa vụ của xã viên hợp tác xã theo đúng quy định tại Nghị định số 46/CP ngày 29/4/1997 của Chính phủ ban hànb Điều lệ mẫu hợp tác xã thủy sản.

Để có căn cứ xác định việc miễn thuế môn bài đối với xã viên hợp tác xã, các hợp tác xã phải hạch toán theo dõi đầy đủ doanh thu, chi phí, kết quả thực hiện nhiệm vụ của từng xã viên vào kết quả hoạt động sản xuất, kinh doanh chung của hợp tác xã. Nếu không hạch toán theo dõi hoạt động sản xuất, kinh doanh của từng xã viên vào kết quả hoạt động sản xuất, kinh doanh chung của hợp tác xã thì không được thực hiện việc miễn thuế môn bài theo hướng dẫn tại Thông tư này.

a) Đối với trường hợp mới thành lập:

a.1) Hợp tác xã sản xuất, xây dựng, vận tải mới thành lập được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp 2 năm đầu, kể từ khi có thu nhập chịu thuế và được giảm 50% số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp trong thời gian 2 năm tiếp theo. Trường hợp thành lập ở huyện miền núi, hải đảo và vùng có khó khăn khác thời gian giảm thuế được kéo dài thêm 2 năm nữa.

a.2) Hợp tác xã sản xuất, xây dựng, vận tải mới thành lập mà thuộc lĩnh vực, ngành nghề được ưu đãi đầu tư được miễn thuế, giảm thuế như sau:

Đầu tư ở những huyện ngoài vùng miền núi, hải đảo và ngoài các vùng có khó khăn khác được miễn thuế thu nhập 2 năm đầu, kể từ khi có thu nhập chịu thuế và được giảm 50% số thuế thu nhập phải nộp trong thời hạn 3 năm tiếp theo.

Đầu tư ở những vùng khó khăn được miễn thuế thu nhập trong thời hạn 3 năm đầu, kể từ khi có thu nhập chịu thuế và được giảm 50% số thuế thu nhập phải nộp trong thời hạn 5 năm tiếp theo.

Đầu tư ở những huyện thuộc vùng dân tộc thiểu số, vùng miền núi và ở hải đảo được miễn thuế thu nhập trong thời hạn 4 năm đầu, kể từ khi có thu nhập chịu thuế và được giảm 50% số thuế thu nhập phải nộp trong thời hạn 7 năm tiếp theo.

Đầu tư ở những huyện thuộc vùng dân tộc thiểu số ở miền núi cao được miễn thuế thu nhập trong thời hạn 4 năm đầu, kể từ khi có thu nhập chịu thuế và được giảm 50% số thuế thu nhập phải nộp trong thời hạn 9 năm tiếp theo.

a.3) Hợp tác xã kinh doanh, dịch vụ mới thành lập thuộc ngành nghề, lĩnh vực được ưu đãi đầu tư được miễn thuế, giảm thuế như sau:

Đầu tư ở những huyện ngoài vùng dân tộc thiểu số, vùng miền núi, hải đảo và các vùng có khó khăn khác được giảm 50% số thuế thu nhập phải nộp trong thời gịan 2 năm đầu, kể từ khi có thu nhập chịu thuế.

Đầu tư ở những vùng khó khăn được miễn thuế thu nhập trong thời hạn 1 năm đầu, kể từ khi có thu nhập chịu thuế và được giảm 50% số thuế thu nhập phải nộp trong thời hạn 3 năm tiếp theo.

Đầu tư ở những huyện thuộc vùng dân tộc thiểu số, vùng miền núi và hải đảo được miễn thuế thu nhập trong thời hạn 2 năm đầu, kể từ khi có thu nhập chịu thuế và được giảm 50% số thuế thu nhập phải nộp trong thời hạn 4 năm tiếp theo.

Đầu tư ở những huyện thuộc vùng dân tộc thiểu số ở miền núi cao được miễn thuế thu nhập trong thời hạn 2 năm đầu, kể từ khi có thu nhập chịu thuế và được giảm 50% số thuế thu nhập phải nộp trong thời hạn 5 năm tiếp theo.

Đối với hợp tác xã sản xuất, kinh doanh tổng hợp mà trong giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh có chức năng sản xuất (hoặc xây dựng, hoặc vận tải) nếu hợp tác xã hạch toán riêng được phần doanh thu, chi phí của từng hoạt động thì được áp dụng các tiêu chuẩn ưu đãi đối với từng hoạt động sản xuất, kinh doanh quy định tại Thông tư này. Trường hợp không hạch toán riêng được thì chỉ thực hiện ưu đãi theo quy định đối với loại hình hợp tác xã kinh doanh, dịch vụ.

b) Đối với trường hợp đầu tư mở rộng sản xuất:

Hợp tác xã sản xuất, xây dựng, vận tải đầu tư xây dựng dây chuyền sản xuất mới, mở rộng quy mô, đổi mới công nghệ, cải thiện môi trường sinh thái, nâng cao năng lực sản xuất, xây dựng, vận tải được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp cho phần thu nhập tăng thêm của năm đầu và giảm 50% số thuế thu nhập phải nộp tăng thêm do đầu tư mới mang lại của 2 năm tiếp theo.

Cách xác định phẩn thu nhập tăng thêm do đầu tư mới mang lại được miễn thuế, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp nêu tại khoản này được thực hiện theo quy định tại khoản 3, mục I, phần Đ Thông tư số 99/1998/TT-BTC ngày 14/7/1998 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định số 30/1998/NĐ-CP ngày 13/5/1998 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp.

c) Đối với trường hợp di chuyển đến địa bàn ưu đãi đầu tư:

Hợp tác xã kinh doanh di chuyển đến miền núi, hải đảo và vùng có khó khăn khác theo quy định của Chính phủ được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp 3 năm đầu, kể từ khi có thu nhập chịu thuế.

d) Đối với một số trường hợp cụ thể khác:

Hợp tác xã có thu nhập từ hoạt động tồng trọt, chăn nuôi, nuôi trồng thuỷ sản thuộc đối tượng không thuộc diện chịu thuế thu nhập doanh nghiệp.

Hợp tác xã thực hiện các hoạt động dịch vụ kỹ thuật trực tiếp phục vụ cho cho sản xuất nông nghiệp, lâm nghiệp, ngư nghiệp, làm muối như: tưới tiêu nước, làm đất, bảo quản hàng hóa, bảo vệ vật nuôi, cây trồng, bảo vệ thực vật, sản xuất và sửa chữa công cụ làm muối, nông cụ, ngư cụ, dịch vụ thủy lợi... được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp đối với phần thu nhập từ những hoạt động đó. Những hoạt động dịch vụ phục vụ cho các đối tượng khác, không phục vụ trực tiếp cho sản xuất nông nghiệp thì không được ưu đãi về thuế quy định tại điểm này.

Những hợp tác xã ở nông thôn có hoạt động dịch vụ cung cấp điện cho hộ nông dân, hợp tác xã bốc xếp thô sơ được míễn thuế thu nhập doanh nghiệp 2 năm đầu kể từ khi có thu nhập chịu thuế từ những hoạt động đó.

đ) Thẩm quyền xét duyệt và hồ sơ xin miễn, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp: Thẩm quyền xét duyệt và hồ sơ xin miễn, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp thực hiện theo đúng quy định tại mục II, mục III, phần Đ Thông tư số 99/1998/TT-BTC ngày 14/7/1998 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định số 30/1998/NĐ-CP ngày 13/5/1998 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp.

a) Chế độ ưu đãi về lệ phí trước bạ cho các trường hợp cụ thể, như sau:

Tư liệu sản xuất của xã viên (thuộc diện phải chịu lệ phí trước bạ) đã nộp lệ phí trước bạ, đem góp vốn vào hợp tác xã, khi hợp tác xã đăng ký quyền sở hữu, quyền sử dụng của hợp tác xã thì được miễn nộp lệ phí trước bạ;

Tư liệu sản xuất đã đăng ký quyền sở hữu, quyền sử dụng của hợp tác xã, khi điều chuyển tư liệu sản xuất đó giữa các xã viên trong hợp tác xã sử dụng thì không phải nộp lệ phí trước bạ;

Trường hợp hợp tác xã trả lại tư liệu sản xuất cho xã viên và xã viên phải đăng ký quyền sở hữu, quyền sử dụng của mình thì phải nộp lệ phí trước bạ.

b) Thẩm quyền xét duyệt và hồ sơ xin miễn, giảm lệ phí trước bạ:

Hồ sơ xin miễn, giảm lệ phí trước bạ của hợp tác xã phải gửi đến cơ quan quản lý thu lệ phí trước bạ của địa phương nơi hợp tác xã đóng trụ sở, gồm:

Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh theo Luật Hợp tác xã ngày 20 tháng 3 năm 1996, xác định rõ ngành nghề, mặt hàng sản xuất, kinh doanh;

Giấy tờ có liên quan về tài sản theo yêu cầu khi đăng ký nộp lệ phí trước bạ.

Thủ trưởng cơ quan quản lý thu lệ phí trước bạ có thẩm quyền quyết định miễn, giảm lệ phí trước bạ đối với các tài sản hợp tác xã theo quy định tại Thông tư này.

1. Hợp tác xã ở nông thôn miền núi, hải đảo làm nhiệm vụ cung cấp dịch vụ trực tiếp cho sản xuất nông nghiệp, lâm nghiệp, nuôi trồng thủy sản, làm muối nếu phải thuê đất của Nhà nước để làm trụ sở, làm xưởng sản xuất thì được miễn nộp tiền thuê đất trong thời gian 5 năm đầu kể từ ngày được cấp giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh theo Luật Hợp tác xã;

2. Các hợp tác xã khác (không phải đối tượng quy định tại điểm 1 mục này) đã được cấp giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh theo Luật Hợp tác xã mà thuộc đối tượng thuê đất theo quy định của pháp luật về đất đai thì được giảm 50% tiền thuê đất trong thời hạn 2 năm đầu kể từ ngày được cấp giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh theo Luật Hợp tác xã. Trường hợp trước đây đã trả tiền sử dụng đất cho Nhà nước thì tiền đó được xử lý theo quy định của pháp luật về đất đai hiện hành.

3. Thẩm quyền xét duyệt và hồ sơ xin miễn, giảm tiền thuê đất:

Hồ sơ xin miễn, giảm tiền thuê đất của hợp tác xã phải gửi đến cơ quan thuế quản lý, bao gồm:

Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh theo Luật Hợp tác xã ngày 20 tháng 3 năm 1996, xác định rõ ngành nghề, mặt hàng sản xuất, kinh doanh;

Giấy đăng ký kê khai nộp thuế và có xác nhận của cơ quan thuế.

Cục trưởng Cục Thuế được xét và quyết định miễn, giảm thu tiền thuê đất đối với hợp tác xã theo quy định tại Thông tư này.

Trong mọi trường hợp hợp tác xã đề nghị xét miễn, giảm thuế phải lập hồ sơ xin miễn, giảm thuế theo đúng quy định gửi cơ quan thuế quản lý hợp tác xã. Hồ sơ xin miễn, giảm thuế của cơ sở gửi cơ quan thuế phải là bản chính có đủ các thủ tục hành chính của văn bản. Trường hợp hồ sơ có các văn bản sao: nếu bản sao là văn bản, chứng từ do các cơ quan, đơn vị khác ban hành, như giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh, quyết định thành lập... phải đóng dấu sao công chứng; nếu bản sao là văn bản của cơ sở như: các bản quyết toán hoặc chứng từ liên quan khác, phải đóng dấu sao gửi của cơ sở.

Khi nhận được hồ sơ xin miễn, giảm thuế, cơ quan thuế quản lý hợp tác xã phải kiểm tra hồ sơ nhận được, xác định rõ: hồ sơ đã lập có đúng, đủ theo quy định hay còn thiếu hoặc sai sót gì, có thuộc trường hợp được miễn, giảm thuế theo luật định không, đối chiếu hồ sơ với thực tế, xác định rõ các số liệu, tình hình liên quan tới việc xin miễn, giảm thuế.

Nếu hồ sơ chưa đầy đủ hoặc có sai sót phải yêu cầu hợp tác xã bổ sung chỉnh lý kịp thời.

Trường hợp đề nghị của hợp tác xã không thuộc trường hợp được miễn, giảm thuế theo luật định, cơ quan thuế phải trả lời bằng văn bản cho đơn vị biết rõ lý do không được xét miễn, giảm thuế.

Những trường hợp xét miễn, giảm thuế không thuộc thẩm quyền của cơ quan thuế quản lý hợp tác xã, cơ quan thuế sau khi kiểm tra xem xét hồ sơ và tình hình thực tế của hợp tác xã có ý kiến bằng văn bản gửi cơ quan thuế cấp trên xét giải quyết cơ quan thuế phải gửi toàn bộ hồ sơ của đơn vị đã được kiểm tra xem xét cùng văn bản kiến nghị của cơ quan thuế, đồng thời thông báo bằng văn bản để đơn vị biết hồ sơ đã chuyển tới đâu. Hồ sơ gửi cơ quan thuế cấp trên phải ghi rõ danh mục hồ sơ.

Trường hợp giải quyết cho miễn, giảm thuế, cơ quan thuế quyết định cho miễn, giảm phải ban hành quyết định miễn, giảm thuế gửi cho hợp tác xã được miễn, giảm thuế.

Căn cứ vào quyết định được miễn, giảm thuế, cơ quan thuế thực hiện quyết toán với hợp tác xã số thuế phải nộp và xác định lại kết quả lãi lỗ và các khoản thu nộp ngân sách nhà nước khác.

Cơ quan xét quyết định miễn, giảm thuế có trách nhiệm lưu giữ, quản lý hồ sơ miễn, giảm thuế theo đúng chế độ.

trong thời gian tối đa 30 ngày kể từ ngày nhận được hồ sơ, cơ quan thuế tiếp nhận hồ sơ giải quyết những ưu đãi về thuế cho hợp tác xã theo quy định tại Thông tư này có trách nhiệm: ra quyết định miễn, giảm thuế hoặc thông báo cho cơ sở biết lý do chưa giải quyết hoặc không giải quyết.

Việc giải quyết các vướng mắc, khiếu nại và thời gian trả lời các vướng mắc, khiếu nại về thuế đối với hợp tác xã được thực hiện theo quy định của Thông tư số 51/1998/TT-BTC ngày 16/4/1998 của Bộ Tài chính hướng dẫn về thủ tục thu nộp, thẩm quyền xét miễn, giảm và quyết toán về thuế doanh thu, thuế lợi tức, thủ tục giải quyết vướng mắc về thuế.

Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01 tháng 01 năm 1999 và thay thế cho Thông tư số 78/1997/TT-BTC ngày 04/11/1997 của Bộ Tài chính, Thông tư số 25/1998/TT-BTC ngày 04/3/1998 sửa đổi, bổ sung Thông tư số 78/1997/TT-BTC ngày 4/11/1997 của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện những ưu đãi về thuế và tài chính đối với hợp tác xã theo quy định tại Nghị định số 15/CP và Nghị định số 16/CP của Chính phủ. Mọi hướng dẫn trước đây của Bộ Tài chính về lĩnh vực này mà trái với Thông tư này hoặc không được hướng dẫn tại Thông tư này đều hết hiệu lực thi hành.

Việc thực hiện nội dung ưu đãi về thuế đối với hợp tác xã trong thời gian trước ngày Thông tư này có hiệu lực thi hành thì vẫn thực hiện theo những quy định trong các văn bản hướng dẫn trước đây của Bộ Tài chính. Trường hợp có sự thay đổi về thời gian ưu đãi hoặc có chế độ ưu đãi mới quy định tại Thông tư này so với các văn bản hướng dẫn trước đây của Bộ Tài chính thì được điều chỉnh để áp dụng cho khoảng thời gian ưu đãi còn lại (nếu có) kể từ ngày Thông tư này có hiệu lực thi hành.

Hợp tác xã mới thành lập được hưởng chế độ ưu đãi về thuế và tài chính hướng dẫn tại Thông tư này là những hợp tác xã mới được thành lập hoặc mới được chuyển đổi (nếu có) và được cấp giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh theo Luật Hợp tác xã kể từ ngày Thông tư này có hiệu lực thi hành.

Việc xử lý công nợ đối với các hợp tác xã kể từ ngày Thông tư này có hiệu lực thi hành được thực hiện theo quy định tại Quyết định số 95/1998/QĐ-TTg ngày 18/5/1998 của Thủ tướng Chính phủ về xử lý thanh toán nợ giai đoạn II và các văn bản hướng dẫn thi hành.

Các hợp tác xã là đối tượng được hưởng những ưu đãi theo hướng dẫn tại Thông tư này còn được hưởng các chính sách ưu đãi khác (nếu có) theo quy định của pháp luật.

Cơ quan tài chính, cơ quan thuế các địa phương có trách nhiệm theo dõi, đôn đốc và hướng dẫn các hợp tác xã thực hiện đúng chính sách thuế, tài chính hiện hành và nội dung hướng dẫn tại Thông tư này.

Mọi trường hợp vi phạm những quy định tại Thông tư này sẽ bị xử lý theo quy định của pháp luật hiện hành.

Trong quá trình triển khai thực hiện nếu có vướng mắc, đề nghị các đơn vị kịp thời phản ảnh về Bộ Tài chính để nghiên cứu hướng dẫn bổ sung./.