Để bảo đảm sự phối hợp chặt chẽ giữa Cơ quan thanh tra, Cơ quan điều tra và Viện kiểm sát trong việc phát hiện, điều tra, xử lý các vụ có dấu hiệu tội phạm do Cơ quan thanh tra kiến nghị khởi tố theo quy định của Bộ luật tố tụng hình sự, Luật Thanh tra, Luật tổ chức Viện kiểm sát nhân dân, Luật phòng, chống tham nhũng và Pháp lệnh Tổ chức điều tra hình sự, Viện kiểm sát nhân dân tối cao, Thanh tra Chính phủ, Bộ Công an, Bộ Quốc phòng thống nhất hướng dẫn như sau:

Thông tư này quy định về mối quan hệ phối hợp giữa Cơ quan thanh tra, Cơ quan điều tra, Viện kiểm sát (bao gồm cả Cơ quan thanh tra, Cơ quan điều tra, Viện kiểm sát trong quân đội) trong việc phát hiện, điều tra, xử lý các vụ việc có dấu hiệu tội phạm do Cơ quan thanh tra kiến nghị khởi tố vụ án hình sự.

2.1. Trong quá trình thực hiện nhiệm vụ thanh tra, nếu Cơ quan thanh tra phát hiện vụ việc có dấu hiệu tội phạm, thì trong thời hạn năm ngày, kể từ ngày phát hiện dấu hiệu tội phạm, Cơ quan thanh tra phải chuyển hồ sơ vụ việc đó và bản kiến nghị khởi tố đến Cơ quan điều tra có thẩm quyền để xem xét khởi tố vụ án hình sự, đồng thời thông báo ngay bằng văn bản cho Viện kiểm sát cùng cấp biết.

Nếu vụ việc có dấu hiệu tội phạm xảy ra ở Cơ quan, đơn vị thuộc quyền quản lý của huyện nào, tỉnh nào hoặc của đơn vị quân đội cấp nào thì chuyển hồ sơ kiến nghị khởi tố cho Cơ quan điều tra cấp đó; vụ việc có dấu hiệu tội phạm xảy ra ở Cơ quan, đơn vị thuộc quyền quản lý của cấp bộ hoặc Chính phủ thì chuyển hồ sơ kiến nghị khởi tố cho Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an hoặc Cơ quan điều tra hình sự Bộ Quốc phòng; Sau khi nhận được hồ sơ và bản kiến nghị khởi tố, qua kiểm tra thấy chưa đủ căn cứ để khỏi tố vụ án hình sự, thì Cơ quan điều tra đề nghị Cơ quan thanh tra phối hợp thu thập thêm tài liệu, chứng cứ bổ sung vào hồ sơ kiến nghị khởi tố. Trong trường hợp Cơ quan thanh tra đã bổ sung thêm tài liệu, chứng cứ mà vẫn không có căn cứ xác định dấu hiệu tội phạm, thì Cơ quan điều tra ra quyết định không khởi tố vụ án hình sự, trả lại hồ sơ cho Cơ quan thanh tra giải quyết theo thẩm quyền. Việc giao trả hồ sơ giữa Cơ quan điều tra và Cơ quan thanh tra được tiến hành tại trụ sở Cơ quan điều tra. Nếu tài liệu bổ sung xác định vụ việc có dấu hiệu tội phạm và thuộc thẩm quyền giải quyết của mình thì Cơ quan điều tra ra quyết định khởi tố vụ án hình sự và thông báo bằng văn bản cho Cơ quan thanh tra đã kiến nghị khởi tố biết. Trong thời hạn 24 giờ kể từ khi ra quyết định khởi tố hoặc không khởi tố vụ án hình sự, Cơ quan điều tra phải gửi các quyết định này kèm tài liệu liên quan đến Viện kiểm sát cùng cấp để kiểm sát việc khởi tố theo quy định tại Điều 104 của Bộ luật Tố tụng hình sự.

Trường hợp vụ việc vi phạm pháp luật có nhiều tình tiết phức tạp, liên quan đến nhiều cấp, nhiều ngành, nếu thấy cần thiết thì Cơ quan thanh tra tổ chức họp lãnh đạo liên ngành gồm Cơ quan thanh tra, Cơ quan điều tra, Viện kiểm sát cùng cấp để phân tích, đánh giá những tài liệu đã thu thập được. Nếu liên ngành thống nhất xác định vụ việc đã rõ dấu hiệu tội phạm thì Cơ quan thanh tra khẩn trương lập hồ sơ và văn bản kiến nghị Cơ quan điều tra có thẩm quyền khởi tố vụ án hình sự.

2.2. Khi kết thúc cuộc thanh tra, Cơ quan thanh tra không kiến nghị khởi tố, nhưng Cơ quan điều tra phát hiện vụ việc đã thanh tra có dấu hiệu tội phạm thì ra quyết định khởi tố vụ án hình sự và gửi quyết định đó kèm theo tài liệu liên quan đến Viện kiểm sát cùng cấp để kiểm sát việc khởi tố. Trong trường hợp này, nếu Cơ quan điều tra đề nghị thì Cơ quan thanh tra có trách nhiệm phối hợp cung cấp những tài liệu liên quan đến việc xác định tội phạm mà Cơ quan thanh tra đã thu thập được trong quá trình thanh tra.

2.3. Cơ quan điều tra có trách nhiệm tiếp nhận hồ sơ và bản kiến nghị khởi tố do Cơ quan thanh tra chuyển đến và trong thời hạn hai mươi ngày, kể từ ngày nhận được hồ sơ, Cơ quan điều tra phải ra một trong những quyết định sau đây:

a) Quyết định khởi tố vụ án hình sự;

b) Quyết định không khởi tố vụ án hình sự;

c) Quyết định chuyển hồ sơ vụ việc vi phạm pháp luật cho Cơ quan điều tra có thẩm quyền khởi tố vụ án hình sự.

Trường hợp vụ việc có dấu hiệu tội phạm mà Cơ quan thanh tra kiến nghị khởi tố có nhiều tình tiết phức tạp hoặc phải kiểm tra, xác minh ở nhiều nơi thì thời hạn giải quyết có thể dài hơn nhưng không được quá sáu mươi ngày; quá thời hạn này, Cơ quan thanh tra không nhận được thông báo bằng văn bản về kết quả xử lý của Cơ quan điều tra, thì có quyền kiến nghị với Viện kiểm sát cùng cấp để xem xét, giải quyết. Trong trường hợp không đồng ý với kết quả giải quyết của Viện kiểm sát có thẩm quyền thì Cơ quan thanh tra kiến nghị với Viện kiểm sát cấp trên trực tiếp để chỉ đạo, giải quyết. Cơ quan điều tra cấp dưới phải chấp hành ý kiến chỉ đạo nghiệp vụ của Viện kiểm sát cấp trên trực tiếp.

2.4. Khi Cơ quan điều tra tiếp nhận và kiểm tra hồ sơ kiến nghị khởi tố của Cơ quan thanh tra mà thấy sự việc phạm tội không thuộc thẩm quyền giải quyết của mình, thì thống nhất với Viện kiểm sát cùng cấp trước khi ra quyết định chuyển hồ sơ đó cho Cơ quan điều tra có thẩm quyền để khởi tố vụ án hình sự, đồng thời thông báo bằng văn bản cho Cơ quan thanh tra đã kiến nghị khởi tố, Viện kiểm sát đã được Cơ quan thanh tra thông báo kiến nghị khởi tố và Viện kiểm sát cùng cấp với Cơ quan điều tra có thẩm quyền đã tiếp nhận hồ sơ. Khi Cơ quan điều tra có thẩm quyền ra quyết định khởi tố vụ án hình sự hoặc ra quyết định không khởi tố vụ án hình sự thì phải chuyển ngay quyết định đó kèm theo các tài liệu liên quan đến Viện kiểm sát cùng cấp để kiểm sát việc khởi tố theo quy định tại Điều 104 của Bộ luật Tố tụng hình sự. Đồng thời thông báo bằng văn bản cho Cơ quan thanh tra đã kiến nghị khởi tố.

2.5. Khi nhận được quyết định khởi tố vụ án hình sự, quyết định không khởi tố vụ án hình sự của Cơ quan điều tra, Viện kiểm sát phân công ngay Kiểm sát viên để kiểm tra tính có căn cứ, tính hợp pháp của các quyết định đó và đề xuất bằng văn bản với lãnh đạo Viện kiểm sát ra một trong những quyết định sau đây:

a) Nếu quyết định không khởi tố vụ án hình sự của Cơ quan điều tra không có căn cứ, thì Viện kiểm sát ra quyết định hủy bỏ quyết định đó và ra quyết định khởi tố vụ án hình sự, chuyển cho Cơ quan điều tra có thẩm quyền thực hiện việc điều tra theo quy định tại Điều 109 của Bộ luật Tố tụng hình sự.

b) Nếu quyết định khởi tố vụ án hình sự của Cơ quan điều tra không có căn cứ, thì Viện kiểm sát ra quyết định hủy bỏ quyết định đó và yêu cầu Cơ quan điều tra giao lại hồ sơ cho Cơ quan thanh tra đã kiến nghị để giải quyết theo thẩm quyền.

2.6. Trường hợp không đồng ý với các quyết định của Viện kiểm sát quy định tại các điểm a, b mục 2.5 Thông tư này thì Cơ quan điều tra vẫn phải chấp hành, nhưng có quyền kiến nghị Viện kiểm sát cấp trên trực tiếp và báo cáo Cơ quan điều tra cấp trên trực tiếp; nếu là Cơ quan điều tra ở cấp Trung ương thì kiến nghị Viện trưởng Viện kiểm sát nhân dân tối cao, Viện trưởng Viện kiểm sát quân sự trung ương xem xét, quyết định. Trong thời hạn hai mươi ngày, kể từ ngày nhận được kiến nghị của Cơ quan điều tra, nếu Viện kiểm sát cấp trên trực tiếp nhất trí với kiến nghị của Cơ quan điều tra thì ra quyết định hủy bỏ quyết định của Viện kiểm sát cấp dưới, nếu không đồng ý thì thông báo bằng văn bản nêu rõ lý do cho Cơ quan điều tra đã kiến nghị và Viện kiểm sát cấp dưới. Kết quả giải quyết của Viện kiểm sát cấp trên trực tiếp, quyết định của Viện trưởng Viện kiểm sát nhân dân tối cao, của Viện trưởng Viện kiểm sát quân sự trung ương là quyết định cuối cùng.

2.7. Trường hợp Cơ quan thanh tra không đồng ý với quyết định không khởi tố vụ án hình sự của Cơ quan điều tra mà Viện kiểm sát cùng cấp cũng cho rằng quyết định đó có căn cứ nên không hủy bỏ; hoặc Cơ quan thanh tra không đồng ý với quyết định hủy bỏ quyết định khởi tố vụ án hình sự của Viện kiểm sát thì có quyền kiến nghị Viện kiểm sát cấp trên trực tiếp. Nếu là Cơ quan thanh tra Chính phủ thì kiến nghị Viện trưởng Viện kiểm sát nhân dân tối cao xem xét, quyết định. Nếu là Cơ quan thanh tra Bộ Quốc phòng thì kiến nghị Viện trưởng Viện kiểm sát quân sự trung ương xem xét, quyết định. Trong thời hạn hai mươi ngày, kể từ ngày nhận được kiến nghị, nếu Viện kiểm sát cấp trên trực tiếp nhất trí với kiến nghị của Cơ quan thanh tra thì hủy bỏ quyết định của Viện kiểm sát cấp dưới, nếu không đồng ý với kiến nghị của Cơ quan thanh tra thì thông báo bằng văn bản nêu rõ lý do. Kết quả giải quyết của Viện kiểm sát cấp trên trực tiếp, quyết định của Viện trưởng Viện kiểm sát nhân dân tối cao, của Viện trưởng Viện kiểm sát quân sự trung ương là quyết định cuối cùng.

2.8. Khi Cơ quan điều tra đã khởi tố vụ án, nhưng quá trình điều tra thu thập tài liệu, chứng cứ có kết quả khác với những nội dung ghi trong Bản kiến nghị khởi tố của Cơ quan thanh tra, thì Cơ quan điều tra đề nghị Cơ quan thanh tra phối hợp xác minh làm rõ sự thật khách quan của vụ án để xử lý đúng với quy định của pháp luật.

3.1. Người ra quyết định thanh tra là người có quyền quyết định chuyển hồ sơ và kiến nghị Cơ quan điều tra xem xét khởi tố vụ án hình sự. Tài liệu trong hồ sơ kiến nghị khởi tố là tài liệu chính, nếu là tài liệu photocopy thì Trưởng đoàn thanh tra phải ký xác nhận, đóng dấu sao y bản chính và chịu trách nhiệm pháp lý về hồ sơ.

3.2. Hồ sơ kiến nghị khởi tố gồm:

a) Bản kiến nghị Cơ quan điều tra xem xét khởi tố vụ án hình sự do người ra quyết định thanh tra ký, trong đó nêu rõ hành vi có dấu hiệu tội phạm, đối tượng có hành vi vi phạm pháp luật, hậu quả thiệt hại do hành vi vi phạm pháp luật gây ra, thời gian, địa điểm xảy ra hành vi vi phạm pháp luật;

b) Quyết định thanh tra, biên bản xác minh sự việc có vi phạm pháp luật do Đoàn thanh tra, Thanh tra viên lập, báo cáo, giải trình của đối tượng thanh tra;

c) Báo cáo của Trưởng đoàn thanh tra về những vi phạm pháp luật của đối tượng thanh tra có dấu hiệu tội phạm. Trong trường hợp cuộc thanh tra đã kết thúc, người ra quyết định thanh tra mới kiến nghị Cơ quan điều tra khởi tố vụ án hình sự, thì hồ sơ kiến nghị khởi tố phải có Bản trích văn bản kết luận thanh tra về vụ việc vi phạm pháp luật mà Cơ quan thanh tra kiến nghị khởi tố.

Kèm theo hồ sơ kiến nghị khởi tố, Cơ quan thanh tra phải chuyển toàn bộ những tài liệu, hóa đơn, chứng từ, sổ sách có liên quan cho Cơ quan điều tra. Những đồ vật, tiền, vàng... liên quan trực tiếp đến vụ việc vi phạm pháp luật thu được trong quá trình thanh tra phải được quản lý và xử lý theo quy định của pháp luật.

Khi giao hồ sơ kiến nghị khởi tố sang Cơ quan điều tra, Cơ quan thanh tra phải lập bảng kê đầy đủ tên các tài liệu, đồ vật có trong hồ sơ. Việc giao nhận hồ sơ được tiến hành tại trụ sở Cơ quan điều tra và phải lập biên bản giao nhận, người giao và người nhận ký biên bản và ghi rõ họ tên.

Viện kiểm sát nhân dân tối cao, Thanh tra Chính phủ, Bộ Công an, Bộ Quốc phòng tổ chức thực hiện Thông tư này. Mỗi năm một lần, Viện kiểm sát các cấp chủ trì tổ chức họp lãnh đạo liên ngành Thanh tra, Cơ quan điều tra, Viện kiểm sát cùng cấp để đánh giá, rút kinh nghiệm về sự phối hợp trong công tác phát hiện, xử lý các vụ việc có dấu hiệu tội phạm do Cơ quan thanh tra kiến nghị khởi tố, đồng thời bàn biện pháp phối hợp tiếp theo.

Thông tư liên tịch này có hiệu lực sau mười lăm ngày, kể từ ngày đăng Công báo. Trong quá trình thực hiện, nếu có vướng mắc hoặc cần được hướng dẫn bổ sung thì Cơ quan điều tra, Viện kiểm sát, Cơ quan thanh tra địa phương phản ánh về Viện kiểm sát nhân dân Tối cao, Thanh tra Chính phủ, Bộ Công an, Bộ Quốc phòng để có sự giải thích, hướng dẫn bổ sung kịp thời./.