Thời kỳ các vương quốc Hindu
Nhiều vương quốc với trình độ văn minh cao đã được trị vì bởi những vị vua bản xứ theo đạo Hindu hoặc đạo Phật. Điều này giải thích tại sao thời kỳ này trong lịch sử được gọi là Thời kỳ các Vương quốc Hindu. Thời kỳ này kéo dài từ thời cổ đại đến thế kỷ 16 sau Công nguyên. Vì văn hóa và văn minh tỏa ra từ đạo Hindu và đạo Phật đã hợp nhất với những yếu tố văn hóa địa phương, nên thời kỳ này còn gọi là thời kỳ Hindu - Indonesia.
Văn hóa và tập quán Ấn Độ được du nhập vào đây, chẳng hạn như hệ thống chính quyền quân chủ, hệ thống dòng tộc, tổ chức quân đội, văn chương, âm nhạc và múa, kiến trúc, các lễ nghi và thói quen tôn giáo, và ngay cả sự phân chia đẳng cấp trong giới lao động. Kinh Vệ đà của đạo Hindu và các thiên sử thi Ấn Độ cũng được du nhập mà cho đến ngày nay còn được phổ biến ở một số vùng tại Indonesia.
Những Phật tử đầu tiên của Ấn Độ đến Indonesia vào khoảng giữa thế kỷ thứ 1 và thứ 2 sau Công nguyên. Họ đưa đến đây cả hai môn phái, phái Tiểu thừa và phái Đại thừa. Đến thế kỷ thứ 8 sau Công nguyên phái Đại thừa đã chiếm ưa thế hơn.
Biên niên sử của Trung Hoa vào năm 132 sau Công nguyên dã mô tả sự hiện diện của mối quan hệ ngoại giao giữa Java-Dwipa với Trung Hoa. Khoảng năm 502 sau Công nguyên, sử Trung Hoa đã đề cập đến sự có mặt của một vương quốc Phật giáo là Kanto Lim ở phía Nam Sumatra, có thể đoán là kế Palembang ngày nay. Vương quốc này được cai trị bởi vua Gautama Subhadra, và sau đó bởi người con là Pyrawarmari, người này đã thiết lập mối quan hệ ngoại giao với Trung Hoa. Do sự khó khăn trong việc phát âm các từ bản xứ, nên vương quốc mà người Trung Hoa gọi là ‘Kanto Lim’ có thể là Crivijaya.
Vương quốc này cũng có mối quan hệ ngoại giao với vương quốc Nalanda ở phía Nam Ấn Độ. Người Crivijaya đã xây dựng một trường học để người ấn có thể học cách đúc tượng đồng và mở mang kiến thức về triết lý đạo Phật. Với sự truyền bá của đạo Phật, ảnh hưởng của Crivijaya đã lan tràn đến những vùng khác của khu quần đảo.
Một vương quốc Phật giáo khác được biết đến và vương quốc Cailendra ở vùng trung tâm Java. Vương quốc này được cai trị bởi các vị vua của triều đại Cailendra. Trong thời gian trị vì này (750-850 sau Công nguyên) ngôi chùa Phật giáo nổi tiếng là Borodudur đã được xây dựng. Năm 772 những ngôi chùa Phật giáo khác như Mendut, Kalasan và Pawon cũng được xây dựng. Tất cả những chùa này ngày nay vẫn còn được bảo trì làm các điểm tham quan du lịch ở gần thành phố Yogyakarta. Vương quốc Cailendra cũng được biết đến qua sức mạnh về thương mại và hàng hải cũng như về nghệ thuật và văn hóa.
Chùa Prambanan, để tưởng nhớ chúa Civa, được khởi công năm 856 và hoàn tất năm 900 sau Công nguyên. Những ngôi chùa của Civa khác được xây dựng sớm hơn, vào năm 675 trên rặng núi Dieng, phía Tây Nam của Medang Kamolan, kinh đô của vương quốc Mataram.
Ở phía Tây Java có các vương quốc Galuh, Kanoman, Kuningan và Pajajaran. Các vương quốc Taruma Negara, Kawali và Parahyangan được thành lập về sau. Vào cuối thế kỷ thứ 10, vương quốc hùng mạnh Singasari nổi lên ở phía Đông Java dưới sự trị vì của vua Dharmawangsa. Ông đã soạn ra luật lệ và dịch sử thi Mahabharata sang tiếng Java. Ông ta cũng cho dịch l2 cuốn kinh Hindu sang tiếng Java.
Trong khi đó đảo Bali do vua Airlangga cai trị, nổi tiếng là một vị vua khôn ngoan và đầy quyền lực. Ông đã cho xây dựng các nhà máy nước dọc theo sông Brantas mà đến ngày nay người ta vẫn còn sử dụng. Trước khi qua đời vào năm 971, ông đã chia vương quốc của mình thành hai là vương quốc Janggala và vương quốc Daha hay còn gọi là Kediri, do hai người con trị vì.
Vua Jayabaya (1135-1157) của vương quốc Kediri đã viết một cuốn sách trong đó ông tiên đoán sự suy sụp của Indonesia, theo đó đất nước sẽ bị một giống người da trắng cai trị, sau đó lại đến một giống người da vàng khác. Sự tiên đoán của ông đã ứng nghiệm với chế độ thực dân người Hà Lan và sự chiếm đóng của người Nhật trong Thế chiến thứ II. Tuy nhiên Jayabaya cũng dự đoán là lndonesia sẽ lấy lại được độc lập cho mình. Trong thời kỳ hoàng kim của vương quốc Kediri, nhiều tác phẩm văn học đã được viết, kể cả bản dịch sang tiếng Java của bộ sử thi Mahabhatara được xuất bản năm 1157.
Những vương quốc ở phía Đông Java sau đó được thế chỗ bởi vương quốc Majapahit, đầu tiên được hoàng tử Wijaya cai trị, người được biết đến như vua Kartarajasa. Đến thời vua Hayam Wuruk đế quốc Majapahit trở thành vương quốc hùng mạnh nhất trong lịch sử Indonesia. Nó có lãnh thổ vượt ra cả vùng quần đảo hiện nay, chẳng hạn như vùng Champa ở phía Bắc Việt Nam, Kampuchia và Philippines (1331-1364). Vua Hayam Wuruk đã thành công trong việc thống nhất cả vùng bán đảo với tên Dwipantara.
Trong thời kỳ vàng son của Majapahit nhiều tác phẩm văn học đã ra đời. Trong số này có cuốn 'Negara Kertagama', một phần trong sách này mô tả mối quan hệ ngoại giao và kinh tế của Majapahit với nhiều nước trong vùng Đông Nam Á. Những tác phẩm khác được viết bằng tiếng Kawi, loại tiếng Java cổ. Những tác phẩm đó sau này đã được dịch sang các thứ tiếng châu Âu dành cho công tác giáo dục.
