Hệ thống tổ chức của y tế công an nhân dân được tổ chức phù hợp với đặc điểm, tình hình, nhiệm vụ của ngành Công an do Bộ Nội vụ quyết định có sự tham gia góp ý của Bộ Y tế.

Cục Y tế Bộ Nội vụ là cơ quan chuyên môn, giúp lãnh đạo Bộ Nội vụ chỉ đạo về công tác y tế trong ngành công an và chịu sự chỉ đạo về mặt chuyên môn của Bộ Y tế. Các kế hoạch phát triển hệ thống y tế quốc gia do Bộ Nội vụ đề nghị có sự tham gia của Bộ Y tế và của Uỷ ban kế hoạch Nhà nước trước khi trình Hội đồng Bộ trưởng.

Cục Y tế Bộ Nội vụ đảm bảo các chế độ báo cáo về nghiệp vụ chuyên môn với Bộ Y tế theo quy định. Bộ Y tế gửi các văn bản pháp quy của Bộ về công tác y tế cho Cục Y tế Bộ Nội vụ để Cục Y tế Bộ Nội vụ có trách nhiệm báo cáo lãnh đạo Bộ Nội vụ và tổ chức triển khai thực hiện trong lực lượng Công an nhân dân.

Về các chế độ chính sách, tiêu chuẩn, định mức về vật tư tài chính lao động v.v.. đối với y tế của ngành Công an do Bộ Nội vụ nghiên cứu đề xuất với Nhà nước và có quy định riêng phù hợp với đặc điểm, tình hình nhiệm vụ và yêu cầu của ngành Công an.

Cục Y tế Bộ Nội vụ được quan hệ trực tiếp với các Vụ, Cục chuyên ngành của Bộ Y tế và là một đầu mối trong sự chỉ đạo của Vụ, Viện đầu ngành và các trung tâm kỹ thuật trực thuộc Bộ Y tế về chuyên môn nghiệp vụ cũng như về đào tạo và nghiên cứu khoa học kỹ thuật, được dự các hội nghị chuyên đề có liên quan do Bộ Y tế tổ chức. Các Sở y tế và y tế các quận, huyện có trách nhiệm hướng dẫn, giúp đỡ các tổ chức y tế Công an ở địa phương cùng cấp, về mặt công tác chuyên môn nghiệp vụ cần thiết hoặc trong các tình huống đột xuất.

Các đơn vị y tế Công an nhân dân có nhiệm vụ bảo đảm vệ sinh môi trường, tham gia phòng chống dịch bệnh cho nhân dân ở những nơi Công an đóng quân, giám sát và phát hiện kịp thời dịch bệnh, thực hiện các biện pháp xử lý dịch. Các cơ sở y tế Công an chịu sự chỉ đạo của y tế địa phương về công tác phòng và chống dịch. Khi có dịch bệnh thiên tai tại nơi Công an nhân dân đóng quân.

Các tổ chức vệ sinh phòng dịch của ngành y tế có trách nhiệm hướng dẫn, giúp đỡ các tổ chức vệ sinh phòng dịch của Công an ở tại địa phương khi các đơn vị Công an nhân dân xảy ra dịch nằm trong tỉnh nào thì Sở y tế tỉnh đó có trách nhiệm giúp đỡ chi viện lực lượng, vật tư, phương tiện kỹ thuật cho các đơn vị Công an nhân dân, các đơn vị Công an nhân dân thanh toán phí tổn hoàn trả Sở y tế. Đối với thuốc và hoá chất phòng chống dịch Công an các tỉnh thành phố phải làm dự trù kế hoạch xin lĩnh hoặc nhượng với y tế các tỉnh.

Các cơ sở y tế dân y hoặc y tế Công an nếu có trường hợp cấp cứu là Công an hoặc nhân dân phải tiếp nhận cấp cứu cho đến khi người bệnh đủ điều kiện mới chuyển về cơ sở của mỗi bên. Các bệnh viện của Công an hoặc dân y đóng trên một địa bàn có trách nhiệm giúp nhau giải quyết các trường hợp bệnh nhân nặng hoặc chuyên khoa sâu vượt khả năng chuyên môn kỹ thuật của mỗi bên. Những trường hợp vượt quá khả năng của bệnh xá, bệnh viện ngành Công an thì được chuyển sang khám và chữa bệnh ở các bệnh viện huyện, tỉnh và bệnh viện Trung ương của Bộ Y tế. Những cán bộ có tiêu chuẩn khám, chữa bệnh ở Bệnh viện Việt Xô, bệnh viện Thống Nhất thực hiện theo công văn số 832 TC /TW ngày 19 -8 -1986 của Ban Tổ chức Trung ương Đảng.

Trong trường hợp có thiên tai, tai nạn lớn, cả hai tổ chức y tế Công an nhân dân và dân y cùng phối hợp để tổ chức cấp cứu điều trị những người bị nạn và giải quyết các hậu quả trước mắt.

Đối với phạm nhân khi bị bệnh nặng được gửi điều trị ở các bệnh viện dân y, các đơn vị Công an quản lý phạm nhân chịu trách nhiệm canh giữ phạm nhân, bệnh viện dân y chỉ chịu trách nhiệm về mặt chuyên môn.

Việc thanh toán viện phí khi bệnh nhân điều trị tại bệnh viện Công an nhân dân hoặc bệnh viện dân y theo chế độ quy định của Nhà nước.

Căn cứ vào nhu cầu thực tế hàng năm, Cục Y tế Bộ Nội vụ làm dự trù cụ thể các mặt hàng, số lượng từng loại thuốc và phương tiện, dụng cụ chuyên môn để Bộ Y tế phân bổ kế hoạch mua tại các Công ty, xí nghiệp dược và trang thiết bị của Bộ Y tế.

Đối với hàng viện trợ y tế nhân đạo mà Bộ Y tế được quyền phân phối, Bộ Y tế sẽ giải quyết hỗ trợ bổ sung một phần thuốc men và trang thiết bị y tế để nâng cao khả năng đảm bảo chăm sóc sức khoẻ cán bộ chiến sĩ công an nhân dân, đồng thời giải quyết vấn đề nhân đạo đối với phạm nhân.

Khi có tình huống đột xuất, Cục trưởng Cục Y tế Bộ Nội vụ báo cáo lãnh đạo Bộ Nội vụ đề nghị lãnh đạo Bộ Y tế giải quyết những nhu cầu khẩn cấp và có những hỗ trợ đặc biệt theo khả năng của Bộ Y tế.

Về phân phối thuốc men và dụng cụ chuyên môn thông thường Công an các tỉnh, thành phố mua và lấy thuốc ở ngay các Công ty dược phẩm các tỉnh theo kế hoạch dự trù hàng năm.

Y tế Công an nhân dân được tổ chức các cơ sở sản xuất thuốc để đảm bảo một phần thuốc chữa bệnh và bồi dưỡng sức khoẻ dùng trong ngành công an. Việc sản xuất và lưu hành các loại thuốc do y tế Công an sản xuất phải chấp hành đầy đủ mọi thủ tục nguyên tắc quy chế chung do Bộ Y tế quy định.

Bộ Nội vụ cùng hợp tác với Bộ Y tế trong công tác nghiên cứu và đào tạo cán bộ chuyên môn trong một số lĩnh vực mà Bộ Nội vụ có kinh nghiệm như pháp y v.v.. khi cần thiết có thể dành một số chỉ tiêu đào tạo ngoài nước cho cán bộ dân y.

Trong công tác đào tạo, bổ túc cho cán bộ nhân viên y tế, Bộ Y tế dành cho y tế Công an một số chỉ tiêu nhằm giúp cho y tế Công an có điều kiện để nâng cao thêm trình độ chuyên môn, nghiệp vụ trong ngành.

Bộ Y tế phân phối tỷ lệ hợp lý cho cán bộ y tế Công an đi học, tham quan, dự hội nghị khoa học kỹ thuật ở nước ngoài khi có nội dung liên quan đến y tế Công an trong phạm vi quyền hạn của Bộ.

Y tế công an nhân dân được cử cán bộ tham gia Hội đồng khoa học kỹ thuật của Bộ Y tế, các hội khoa học của ngành ở Trung ương và địa phương nhưng phải đảm bảo đầy đủ tiêu chuẩn của một thành viên theo quy định, được tham gia các chương trình nghiên cứu khoa học kỹ thuật cấp Nhà nước, cấp Bộ có liên quan.

Các cơ quan chức năng của Bộ Y tế có trách nhiệm hướng dẫn các cơ sở ngành y tế thực hiện. Cục Y tế Bộ Nội vụ giúp Bộ trưởng hướng dẫn các cơ sở y tế ngành Công an nhân dân thực hiện.

Trong quá trình thực hiện cần thường xuyên rút kinh nghiệm để báo cáo lãnh đạo hai bộ Nội vụ -Y tế hoàn chỉnh bổ sung cho các mối quan hệ công tác ngày càng hoàn thiện. Những quy định trước đây trái với quy định trong Thông tư này đều bãi bỏ.