Khởi đầu chế độ thổ dân Hà Lan
Trong khi đó, người Hà Lan đã bắt đầu truy tìm các loại gia vị của Indonesia để bán ở thị trường châu Âu với mức lợi nhuận rất cao. Với mục đích tạo ra việc trao đổi mậu dịch có hiệu quả hơn và có tổ chức hơn, họ đã thành lập Công ty Đông Ấn Độ Hà Lan vào năm 1602. Để bảo vệ đoàn tàu buôn khỏi nạn cướp biển thường xuyên, người Hà Lan đã phái tới đây những chiếc tàu chiến.
Sau khi Công ty Đông Ấn Độ được quốc hữu hóa năm 1799, chính phủ Hà Lan đã siết chặt quyền hạn đối với các vùng lãnh thổ trực thuộc đất nước này. Người dân ở các vùng lãnh thổ đó phải dâng nộp các sản phẩm nông nghiệp cho các nhà buôn Hà Lan. Lúc đó bắt đầu thời kỳ thực dân của người Hà Lan ở Indonesia. Sunda Kelapa được đổi tên thành Batavia.
Trong khi đó, vương quốc Hidu Mataram đã cải giáo theo đạo Hồi và được cai trị bởi vị vua Hồi giáo, vua Agung Hanyokrokusumo. Ông đã phát triển lực lượng chính trị của quốc gia và là người bảo trợ nhiệt tình cho nghệ thuật và văn hóa. Năm 1633 ông đã đưa ra lịch Java Hồi giáo. Vua Agung là kẻ thù không đội trời chung với người Hà Lan. Năm 1629 ông đã cử quân tấn công Batavia, nhưng đã bị quân của tướng Jan Pieterszoon Coen đánh lùi.
Sau khi chiếm đóng Moluccas năm 1605 và Banda năm 1623, người Hà Lan đã giữ độc quyền mậu dịch trên những hòn đảo này. Một chính sách khai thác tàn nhẫn bằng chiến thuật chia để trị đã được tiến hành. Bằng cách này, những cuộc mậu dịch của người bản xứ giữa các đảo với nhau, chẳng hạn như giữa Makassar, Aceh, Mataram và Banten, cũng,như việc mậu dịch với nước ngoài, đã dần dần bị tê liệt. Indonesia đã bị thu nhỏ thành một quốc gia nông nghiệp để cung ứng cho thị trường châu Âu. Cùng lúc đó, người Hà Lan áp dụng một chính sách gọi là mở cửa đối với người Trung Hoa với mục đích làm trung gian cho các cuộc mua bán giữa Trung Hoa và Indonesia.
Vua Hasanuddin của đảo Goa đã dấy binh chống lại người Hà Lan năm 1666, nhưng bị thua, và Goa trở thành chư hầu của Công ty Đông Ấn Độ theo hiệp ước Bunggaya ký năm 1667. Hoàng tử Trunojoyo cua Madura cũng đánh người Hà Lan, ông đã bại trận và bị giết năm 1680.
Để củng cố sự độc quyền về gia vị ở Moluccas, người Hà Lan đã tiến hành những cuộc hành quân Hongi khét tiếng, trong đó họ đến những vườn đinh hương của dân để khỏi sản xuất nhiều quá, làm rớt giá đinh hương trên thị trường châu Âu. Trong những cuộc hành quân tàn nhẫn này, vô số những hành động tàn ác đã được thực hiện đối với những người dân bảo vệ hoa màu của họ.
Năm 1740 người Hà Lan đã trấn áp một cuộc nổi loạn ở Jakarta do những người Trung Hoa bất mãn dấy lên, sau đó được những người Indonesia theo. Mười ngàn người Trung Hoa đã bị thảm sát.
