Thời kỳ của vương quốc Hồi giáo
Những nhà buôn Hồi giáo từ Gujarat và Ba Tư bắt đầu đến Indonesia vào thế kỷ thứ 13 và thiết lập các mối giao thương giữa nước này với Ấn Độ và Ba Tư. Cùng với việc giao thương, họ đã truyền bá đạo Hồi cho người Indonesia, đặc biệt là dọc theo vùng bờ biển Java, chẳng hạn như vùng Demak. Ở bước tiếp theo họ thậm chí còn gây ảnh hưởng và cải giáo cả những vị vua đạo Hindu sang Hồi giáo, mà người đầu tiên là vua của Demak. Vị vua Hồi giáo này sau đó đã truyền bá đạo Hồi về phía Tây đến Cirebon và Banten, và về phía Đông dọc theo bờ biển phía Bắc của Java đến vương quốc Gresik. Cuối cùng ông đã mang lại sự suy sụp của vương quốc Majapahit.
Sau sự sụp đổ của Majapahit, đạo Hồi đã lan tràn về phía Đông đến các vương quốc Bone và Goa ở Sulawesi. Ngoài ra các vương quốc Ternate và Tidore ở Maluku cũng chịu ảnh hưởng của Hồi giáo. Ở phía Bắc Java tôn giáo này mở rộng đến Banjarmasin ở Borneo và đi tiếp về hướng Tây đến Sumatra, ở đó có các vương quốc Palembang, Minangkabau, Pasai và Perlak cũng cải giáo.
Trong khi đó, những hậu duệ của tầng lớp quý tộc Majapahit, những thành phần giáo sĩ của vương quốc này đã rút lui về đảo Bali và Lombok. Tuy nhiên, đến giai đoạn về sau, phía Đông của Lombok cũng cải giáo sang đạo Hồi.
Kinh đô của vương quốc Pajajaran ở phía Tây Java là Sunda Kelapa. Nó nằm ở vị trí của thủ đô Indonesia hiện nay là Jakarta. Năm 1527 Sunda Kelapa bị Falatehan, một đội quân Hồi giáo do vua Demak cầm đầu, chinh phục. Sau cuộc chinh phục này thành phố được đổi tên thành Jaya Karta, có nghĩa là 'thành phố vĩ đại', đó là nguồn gốc của tên gọi Jakarta ngày nay. Falatehan cũng đánh bại người Bồ Đào Nha đang muốn chiếm đóng thành phố này.
