Thời kỳ Murochima (1333 - 1573)
Hoàng đế Go-Daigo đã có thể khôi phục quyền lực ở Kyoto và lật đổ Kamakura Bakufu vào năm 1333. Tuy nhiên, việc phục hồi các cơ quan cũ trong cuộc khôi phục Kemmu (1334) không tồn tại được lâu vì hệ thống cai trị cũ đã lỗi thời, và các quan chức bất lực đã thất bại trong việc thu phục sự ủng hộ của các chủ đất quyền thế.
Ahikaga Takauji, đã có một thời chiến đấu cho hoàng đế, nay lại đối nghịch với triều đình và đã chiếm được Kyoto năm 1336. Go-Daigo chạy đến Yoshino ở phía Nam Kyoto, nơi ông ta thiết lập triều đình phía Nam. Cùng lúc đó, một vị hoàng đế đã được chỉ định tại Kyoto.
Năm 1338 Takauji tự phong làm tướng quân và thiết lập chính quyền của mình ở Kyoto. Quận Muromachi nơi các tòa dinh thự của chính quyền tọa lạc từ năm 1378 đã là tên của chính quyền và thời đại lịch sử này.
Hai triều đình của hai hoàng đế cùng tồn tại ở Nhật trong suốt hơn 50 năm: triều đình phía Nam và triều đình phía Bắc. Họ đã có nhiều trận đánh với nhau. Triều đình phía Bắc thường có nhiều lợi thế hơn, tuy nhiên phía Nam thị nhiều lần đã chiếm được Kyoto trong một thời gian ngắn. Cuối cùng triều đình phía Nam đã chịu thua năm 1392, và đất nước lại trở thành thống nhất dưới sự cai trị của một vị hoàng đế.
Dưới thời kỳ của tướng quân Ashikaga Yoshimitsu (1369 - 1408), Muromachi Bakufu đã kiểm soát được những tỉnh trung tâm, nhưng dần dần lại mất ảnh hưởng đối với những vùng ngoại vi Yoshimitsu đã thiết lập một mối quan hệ mậu dịch tốt với nhà Minh ở Trung Hoa. Việc sản xuất nội địa cũng gia tăng nhờ những cải tiến về nông nghiệp và kết quả của hệ thống thừa kế mới. Sự thay đổi về kinh tế đã dẫn tới sự phát triển các thị trường, một số thị trấn và một số giai cấp xã hội mới.
Vào thế kỷ 15 và 16, ảnh hưởng của các tướng quân Ashikaga và chính quyền ở Kyoto đã suy giảm. Những nhà chính trị mới của thời kỳ Muromachi là thành viên của giới sở hữu đất đai và các gia đình quân nhân. Bằng cách trước hết là hợp tác và sau đó lấn lướt các nguyên soái ở các tỉnh, một số những người này đã có được ảnh hưởng khắp tỉnh. Những ông chủ phong kiến mới này được gọi là daimyo. Họ kiểm soát nhiều phần đất của Nhật, và liên tục giao tranh với nhau suốt mấy thập kỷ dưới thời kỳ phức tạp gọi là kỷ nguyên của các cuộc nội chiến. Một số những vị chúa có nhiều quyền lực nhất là Takeda, Uyesugi và Hojo ở phía Đông, và Ouchi, Mori và Hosokawa ở phía Tây.
Năm 1542, những nhà buôn và nhà truyền giáo dòng Tên người Bồ Đào Nha đầu tiên đến Kyushu, và đưa vào đó các loại vũ khí và đạo Cơ đốc Nhà truyền giáo Francis Xavier đã làm một cuộc hành trình đến Kyoto năm 1549 - 1550. Bất kể sự phản đối của Phật giáo, hầu hết các vị tư lệnh ở phía Tây đều hoan nghênh đạo Cơ đốc vì họ thích buôn bán với người nước ngoài chủ yếu vì lý do quân sự.
Vào giữa thế kỷ 16, một số các tư lệnh nhiều quyền lực nhất đã tranh giành để kiểm soát toàn bộ đất nước. Một trong số họ là Oda Nobunaga. Ông ta đã làm một bước lớn đầu tiên để hướng tới việc thống nhất nước Nhật là chiếm Kyoto năm 1568 và lật đổ chính quyền Muromachi Bakufu năm 1573.
