Mục đích: Mất điều hòa gen biểu sinh thông qua thay đổi RNA không mã hóa dài (lncRNA) những biểu hiện quan trọng trong bệnh ung thư của con người. LncRNAs có tiềm năng chẩn đoán và điều trị, và cung cấp cái nhìn sâu vào các bệnh sinh học, nhưng ít ai biết về biểu hiện của chúng trong ung thư urothelial (UC). Ở đây chúng ta xác định kiểu khác bày tỏ lncRNAs với chức năng điều tiết tiềm năng trong UC. Thiết kế thí nghiệm: Các biểu hiện của 17.112 lncRNAs và 22.074 mRNA được xác định bằng cách sử dụng vi mạng trong 83 urothelial bình thường nguyên nhân ung thư bàng quang và ác tính (phát hiện) và chọn mẫu RNA với qPCR trong 138 mẫu để xác nhận. Đáng chú ý là các RNA kiểu khác thể hiện đã được xác định và phân tầng theo kiểu hình khối u. siRNA knock-down, xét nghiệm chức năng và toàn bộ hệ gen profiling transcriptomic đã được sử dụng để xác định vai trò tiềm năng của lncRNAs chọn. Kết quả: Chúng tôi quan sát thấy điều hòa tăng của nhiều lncRNAs trong UC mà là khác biệt để thay đổi cân bằng hơn cho các mRNA tương ứng. Nói chung, biểu hiện lncRNA phản ánh kiểu hình bệnh. Chúng tôi xác định 32 lncRNAs với vai trò tiềm năng trong tiến triển của bệnh. Tập trung vào một ứng cử viên đầy hứa hẹn, chúng tôi liên can của điều hòa tăng AB074278 trong apoptosis tránh và việc duy trì một nhà nước ủng hộ tăng sinh ở các bệnh ung thư thông qua sự tương tác tiềm năng với EMP1, một chất kiềm chế khối u và một điều tiêu cực của tăng sinh tế bào. Kết luận: Chúng tôi báo cáo biểu hiện kiểu khác cho nhiều lncRNA trong UC. Chúng tôi xác định biểu hiện kiểu hình cụ thể và mục tiêu cơ học tiềm năng để giải thích kết quả này. Thêm những nghiên cứu cần thiết để xác nhận lncRNAs như chỉ dấu sinh học trong tiên lượng bệnh này.
Chẩn đoán phân tử có thể đóng vai trò quan trọng trong việc phát triển các kỹ thuật để phát hiện sớm các phi cơ xâm lấn ung thư bàng quang (BC) và dựa trên các phát hiện của biến đổi phân tử xảy ra trên giai đoạn đầu của bệnh oncological. Mục đích của nghiên cứu là xác định tiềm năng đánh dấu biểu hiện gen BC mới và để đánh giá độ nhạy của nó ở những bệnh nhân BC.
Phương pháp
Để xác định các marker biểu hiện gen BC mới, chúng tôi thực hiện cả hai nghiên cứu tin sinh học và thực nghiệm. Đối với các xét nghiệm tin sinh học, chúng tôi đã phân tích công khai có sẵn dữ liệu biểu hiện gen trong cơ sở dữ liệu hiện gen Omnibus. Nghiên cứu thực nghiệm gồm trong đặc tính của các biểu hiện gen trong ung thư biểu mô tế bào chuyển tiếp (TCC) và bình thường mô bàng quang mẫu bằng cách sử dụng hai cách tiếp cận khác: ức chế lai trừ (SSH) và microarray lai. Bằng cách sử dụng các phương pháp này, chúng tôi đã có thể xác định được 13 cuốn tiểu thuyết đánh dấu biểu hiện gen với diện tích-under-the-đường cong (AUC) giá trị> 0,7 rằng, để hiểu biết của chúng tôi, không liên quan với TCC trong các nghiên cứu trước đó, nhưng đã nguyên nhân bệnh ung thư bàng quang chứng minh một sự tương quan mạnh với TCC trong các thử nghiệm của chúng tôi (p <0,05). Trong số những mục này, có sáu gen đầu với điểm số AUC khác nhau 0,85-0,92. Để mô tả thêm các marker phân tử mới tiềm năng TCC, chúng tôi thực hiện một RT-PCR (QRT-PCR) xét nghiệm định lượng của sáu "top" các gien trên 15 bàng quang bình thường và 30 mẫu TCC phẫu thuật cắt bỏ-.
Kết quả
Các cấu hình phiên mã cho mười gen (trong đó có năm gen "top"): BCL2, CCNE1, CDH1, IGFBP3, STAT1, TRIB1, NUSAP1, PRC1, UBE2C và TFDP1 tương quan không chỉ giữa các bộ dữ liệu cơ sở dữ liệu thực nghiệm và GEO, mà còn với các dữ liệu thu được bằng cách sử dụng SSH. Tuy nhiên, còn lại "top" gen, KIFC1, mặc dù phân rõ ràng theo dữ liệu microarray nghiệm của chúng tôi, đã chứng minh một mức độ biểu hiện nguyên vẹn trong các thử nghiệm SSH. Các dữ liệu QRT-PCR xác nhận điều hòa tăng của gen: KIFC1, TRIB1, NUSAP1, PRC1, UBE2C, TFDP1, AURKA1 và UHRF1 trong các mẫu TCC. Những dữ liệu này cho thấy rằng đầu sáu chỉ dấu sinh học BC tiềm năng của chúng tôi chứng minh liên kết mạnh mẽ với TCC, theo phản ánh của các giá trị AUC QRT-PCR - KIFC1 (0,77), TRIB1 (0,85), NUSAP1 (0,89), PRC1 (0 , 89), UBE2C (0,91), TFDP1 (0,87). Các giá trị AUC tổng thể tính toán đặt chúng trong những tốt nhất được biết đến chín TCC dấu biểu hiện gen điều tra trong nghiên cứu này.
Kết luận
Đầu sáu mới đánh dấu sự biểu hiện gen - KIFC1, TRIB1, NUSAP1, PRC1, UBE2C và TFDP1 cho thấy sự nhạy cảm tuyệt vời và khả năng tái. Nhìn chung, chúng tôi ung thư bàng quang trình bày một danh sách các marker di truyền BC tiềm năng sở hữu một giá trị chẩn đoán cao.
|
