Đất nước bị chia cắt
1. Chiến tranh Nam - Bắc triều
Từ khi Mạc Đăng Dung cướp ngôi nhà Lê, nhiều quan lại cũ đã phản ứng kịch liệt. Năm 1580, ở Thanh Hóa, Lê Ý cùng nhiều bộ tướng nổi dậy chống lại nhà Mạc. Quân hai bên đánh nhau dữ dội, mãi đến đầu năm sau, Lê Ý mới bị bắt giết. Tiếp đó, một cựu thần khác là Lê Công Uyên mộ quân nổi dậy ở Thanh Hóa kế tục sự nghiệp của Lê Ý... Đầu năm 1532, An Thành hầu Nguyễn Kim dựa vào sự giúp đỡ của vua Ai Lao, mộ quân luyện tập và tôn một người con của Chiêu Tông tên là Ninh lên làm vua. Nhiều cựu thần nhà Lê được tin đó đã trốn theo. Một triều đình mới của nhà Lê hình thành ở Thanh Hóa, sử gọi là Nam Triều để phân biệt với Bắc triều của nhà Mạc. Năm 1539 - 1540 quân Nam triều đánh về trấn lị Thanh Hóa, Nghệ An và năm 1546 thì hoàn toàn làm chủ vùng đất từ Thanh Hóa vào Nam. Cùng thời gian này, Thái sư Hưng quốc công Nguyễn Kim bị hàng tướng nhà Mạc đầu độc giết chết. Vua Lê bèn phong con rể của Nguyễn Kim là Trịnh Kiểm làm Thái sư Lạng quốc công, nắm giữ toàn bộ binh quyền. Cuộc chiến tranh giữa Nam triều và Bắc triều tiếp diễn. Năm 1551 nhân cuộc loạn của Phạm Tử Nghi ở Bắc triều, Trịnh Kiểm sai quân đánh ra sát Thăng Long, sau đó rút về. Liên tiếp từ đó cho đến năm 1569, quân Nam triều nhiều lần đánh ra Bắc, nhưng không làm thay đổi được tình thế. Năm 1570, Trịnh Kiểm chết, anh em Trịnh Cối, Trịnh Tùng đánh giết nhau, vua Lê cũng âm mưu giành lại thực quyền. Nhà Mạc nhân đó mở liên tiếp nhiều cuộc tiến công vào đất Thanh, Nghệ. Suốt hơn 10 năm từ 1570 - 1583, nhà Mạc đem quân đánh vào 13 lần, biến vùng bờ biển từ Thanh Hóa đến Thuận Hóa thành chiến trường, khiến có lúc ở đây già trẻ bồng bế nhau chạy tan tác, kêu khóc đầy đường, chết đói rất nhiều.
Cuối năm 1583, sau khi củng cố được lực lượng, tiết chế Trưởng quốc công Trịnh Tùng quyết định đem quân đánh ra Bắc. Trận đánh lớn nhất xảy ra vào năm 1592. Quân Mạc thua to, Trịnh Tùng đem quân vào chiếm Thăng Long. Cuộc chiến tranh kết thúc. Nhà Mạc đổ.
Cuộc chiến tranh không chỉ gây ra bao cảnh đau thương, chết chóc, đẩy hàng chục vạn trai tráng vào cảnh chém giết lẫn nhau mà còn tàn phá mùa màng, gây nên hàng loạt trận đói 1557, 1559, 1570, 1571, 1572, 1577 v.v…
2. Sự phân liệt Đàng Ngoài -Đàng Trong - chiến tranh Trịnh -Nguyễn
Tình trạng Nam triều - Bắc triều chấm dứt chưa được bao lâu thì xảy ra sự phân chia Đàng Trong - Đàng Ngoài. Một cuộc chiến tranh mới lại bùng nổ.
Mầm mống của sự phân liệt bắt nguồn từ trong cuộc chiến tranh Nam-Bắc triều. Năm 1545, sau khi Nguyễn Kim bị mưu sát, Trịnh Kiểm được vua Lê đưa lên thay thế, chỉ huy mọi việc. Để giữ vững quyền hành của mình, Trịnh Kiểm tìm cách loại trừ phe cánh của Nguyễn Kim mà trước hết là các con trai của ông. Người con đầu là Nguyễn Uông bị ám hại. Người con thứ là Nguyễn Hoàng lo lắng, tìm cách thoát khỏi mối đe dọa đó. Được sự gợi ý của trạng nguyên Nguyễn Bỉnh Khiêm, Nguyễn Hoàng nhờ chị (vợ của Trịnh Kiểm) xin cho vào trấn đất Thuận Hóa. Nhận thấy Thuận Hóa đang gặp nhiều khó khăn, Trịnh Kiểm đã chấp thuận.
Năm 1558, Nguyễn Hoàng đem theo nhiều anh em, bà con người Tống Sơn (Thanh Hóa - quê của ông) cùng các quan lại cũ của Nguyễn Kim; các “nghĩa dũng” Thanh, Nghệ vào trấn thủ Thuận Hóa. Năm 1570, Nguyễn Hoàng được giao cai quản luôn đất Quảng Nam. Sau khi ổn định tình hình ở đây, năm 1593, Nguyễn Hoàng đem quân ra Thăng Long giúp Trịnh Tùng trấn áp các tàn quân của nhà Mạc và sau đó, năm 1600, vượt biển trở về Thuận Hóa.
Năm 1613, trước khi chết, Nguyễn Hoàng dặn lại con là Nguyễn Phúc Nguyên cố gắng bảo vệ dòng họ của mình:
“Đất Thuận Quảng phía bắc có Hoành Sơn và Linh Giang, phía nam có núi Hải Vân và Thạch Bi, địa thế hiểm cố, thật là một nơi để cho người anh hùng dụng võ. Nếu biết dạy bảo nhân dân, luyện tập binh sĩ kháng cự lại họ Trịnh thì gây dựng được cơ nghiệp muôn đời”.
Lên nối nghiệp cha, Nguyễn Phúc Nguyên tổ chức lại chính quyền, tách khỏi sự phụ thuộc họ Trịnh, chỉ nộp phú thuế theo lệ. Năm 1620, họ Trịnh đem quân vào, Phúc Nguyên không chịu nộp thuế nữa. Năm 1627, lấy cớ đó, họ Trịnh đem quân vào đánh Thuận Hóa. Cuộc chiến tranh Trịnh - Nguyễn bắt đầu.
Trong gần nửa thế kỉ, hai bên đánh nhau 7 lần vào các năm 1627, 1630, 1643, 1648, 1655 – 1660, 1661 và 1672; trong đó có một lần, quân Nguyễn vượt sông Gianh tiến đánh quân Trịnh, chiếm vùng đất ở phía nam sông Lam (Nghệ An) mấy năm rồi rút về. Từ nam Nghệ An đến bắc Quảng Bình (địa phận sông Gianh và sông Nhật Lệ) trở thành chiến trường. Và sau 7 lần đánh nhau dữ dội mà không có kết quả, quân sĩ hao tổn, chán nản, nhân dân khổ cực, hai họ Trịnh, Nguyễn đành phải ngừng chiến, lấy sông Gianh làm giới hạn chia cắt Đàng Ngoài, Đàng Trong.
Nhìn vào tương quan lực lượng, họ Trịnh tuy mạnh hơn, có lúc điều động đến 18 vạn quân vào cuộc chiến, nhưng phải đi đánh xa, hành quân và vận chuyển khó khăn. Hơn nữa, cũng vào thời gian này, họ Trịnh phải dùng quân đánh lên Cao Bằng để xóa bỏ hoàn toàn triều Mạc. Trong lúc đó, họ Nguyễn yếu hơn, có lúc huy động được 16 vạn quân, nhưng nhờ chiến đấu trên đất mình nên có nhiều thuận lợi. Họ Nguyễn không những tận dụng địa hình tự nhiên để xây hàng loạt lũy đất ngăn giặc: lũy Trường Dục (dài 10 km), lũy Nhật Lệ (lũy Thầy), lũy Trường Sa, lũy Trấn Ninh, lũy Sa Phụ, tăng thêm khả năng phòng thủ, mà còn biết vận động nhân dân ra sức chiến đấu bảo vệ vùng đất do lao động của mình tạo nên.
Sự phát triển của chế độ sở hữu ruộng đất phong kiến trong hoàn cảnh một quốc gia nông nghiệp, phương tiện giao thông vận tải không phát triển, đã tạo điều kiện thuận lợi cho sự hình thành các thế lực phong kiến địa phương và từ đó dẫn đến sự suy yếu của chính quyền trung ương. Sự tranh chấp giữa các thế lực phong kiến đã diễn ra, phát triển thành Nam triều và Bắc triều rồi tiếp đó, Đàng Trong và Đàng Ngoài. Chiến tranh giữa các thế lực đó trở thành không tránh khỏi, song nó không thể giải quyết được xu thế phân liệt đã hình thành.
