Cuộc kháng chiến của nhân dân mở rộng khắp nơi
Khi mới tiến quân vào nước ta. Trương Phụ lừa dội và hứa hẹn: “Chờ đến ngày cha con giặc Lê (tức nhà Hồ) bị bắt, sẽ họp quan viên, tướng lại và kì lâm trong nước, tìm con cháu họ Trần lập làm quốc vương để rửa nỗi oan ức cho u hồn dưới suối vàng, cứu dân trong nước khỏi cơn cực khổ”. Nhưng vừa chiếm được Đông Đô, Trương Phụ đã cho bọn phản bội Mạc Thúy mạo xung là quan lại và kì lão nước ta, khai rằng: “Con cháu họ Trần bị giặc Lê giết hết, nay không còn một người nào” và “An Nam vốn là quận Giao Chỉ” nên “xin cho nội thuộc như cũ”. Minh Thành Tổ lấy cớ đó, đổi nước ta làm quận Giao Chỉ, mưu đồ sáp nhập vào lãnh thổ Trung Quốc”.
Tháng 6 năm 1407, Trương Phụ tâu về triều đình nhà Minh, đã chiếm được nước ta gồm 48 phủ và 186 huyện. Mùa hạ năm sau, Trương Phụ về kinh, dâng lên vua Minh “bản đồ Giao Chỉ” đông - tây dài 1.760 dặm, nam - bắc dài 2.800 dặm, số dân gồm 3.120.000 người và 2.087.000 “người Man” (chỉ các dân tộc thiểu số).
Từ giữa năm 1407, tiếp ngay theo cuộc kháng chiến thất bại của nhà Hồ, phong trào đấu tranh vũ trang chống giặc cứu nước của nhân dân đã nổi lên ở nhiều nơi. Nhân dân huyện Đông Lan và Trà Thanh phủ Diễn Châu (Nghệ An) nổi dậy phá nhà ngục, giết bọn quan lại. Xung quanh những thành lũy trung tâm của địch như Đông Quan (tức Đông Đô), Tây Đô, quân Minh phải thừa nhận, có những “ổ quân ác nghịch” tức những hoạt động chống đối của nghĩa quân. Cả miền rừng núi rộng lớn, các dân tộc thiểu số vẫn làm chủ quê hương của mình và thành lập những lực lượng vũ trang sẵn sàng đánh giặc. Tháng 9, một đạo quân Minh do đô đốc Cao Sĩ Văn chỉ huy, mới tiến lên châu Quảng Nguyên (Cao Bằng) đã bị chặn đánh kịch liệt. Quân địch bị tổn thất nặng, Cao Sĩ Văn bị giết chết.
Tháng 11, nội quan Miêu Thanh tâu về triều đình nhà Minh rằng: “Tại các phủ Tân An (miền Quảng Ninh, Hải Phòng, Hải Dương), Kiến Bình (Nam Định), Lạng Giang (Bắc Giang) các châu Đông Hồ (Quảng Ninh), Thái Nguyên và sông Sinh Quyết, dân Man không phục, họp nhau làm loạn”.
Trên thực tế, quân Minh lúc bấy giờ chỉ mới chiếm được các thành lũy, kiểm soát được các trục giao thông thủy, bộ chủ yếu. Phần lớn vùng nông thôn và núi rừng vẫn thuộc phạm vi hoạt động của các lực lượng yêu nước.
Khởi nghĩa Trần Ngỗi và Trần Quý Khoáng
Trần Ngỗi (còn gọi là Trần Quỹ) là con thứ vua Trần Nghệ Tông (1370 - 1372). Tháng 10 năm 1407, một số người yêu nước lập Trần Ngỗi lên làm vua, tôn xưng là Giản Định Đế, cầm đầu một cuộc khởi nghĩa ở Yên Mô (Ninh Bình). Cuộc khởi nghĩa được đông đảo nhân dân hưởng ứng và tập hợp được nhiều quý tộc, quan lại cũ của triều Trần, triều Hồ, trong đó có Đặng Tất và Nguyễn Cảnh Chân. Đến giữa năm 1408, nghĩa quân giải phóng được một khu vực rộng lớn từ Thanh Hóa vào đến Hóa Châu (Trị Thiên). Từ đó nghĩa quân tiến ra vùng đồng bằng sông Hồng, mở nhiều cuộc tiến công vào những căn cứ quân sự quan trọng của địch như đồn Bình Than, của Hàm Tử; chặn đường qua lại của địch ở Tam Giang (Vĩnh Phúc) và uy hiếp cả vùng ngoại vi thành Đông Quan.
Triều đình nhà Minh phải cử Mộc Thạnh là Chinh di tướng quân, điều thêm 4 vạn quân sang tăng viện. Cuối năm 1408, Mộc Thạnh tập trung một binh lực lớn tiến đánh nghĩa quân ở bến Bô Cô (bến sông Đáy ở Ý Yên, đối diện với thị xã Ninh Bình). Nhưng ở đây, quân ta giết chết nhiều tướng soái, quan chức cao cấp của địch như thượng thư bộ binh Lưu Tuấn, đô đốc Lữ Nghị, tham chính Lưu Dục, đô chỉ huy sứ Liễu Tông và tiêu diệt khoảng 10 vạn quân địch. Chỉ có Mộc Thạnh và một ít tàn quân thoát chết, chạy trốn về thành Cổ Lộng (Ý Yên, Nam Định, cách Bô Cô khoảng 18 km về phía bắc).
Chiến thắng Bô Cô cổ vũ mạnh mẽ tinh thần đánh giặc cứu nước của quân dân ta và tạo ra một thời cơ thuận lợi để tiến lên ghềnh những thắng lợi có ý nghĩa quyết định. Nhưng tiếc rằng, sau chiến thắng ấy, trong bộ chỉ huy cuộc khởi nghĩa Trần Ngỗi lại nảy sinh những mối mâu thuẫn, chia rẽ nghiêm trọng. Trần Ngỗi, nghe lời dèm pha, đã ám hại Đặng Tất và Nguyễn Cảnh Chân là hai tướng chủ chốt của nghĩa quân. Hành vi đó làm cho nghĩa quân chán nản, lòng người li tán. Đặng Dung là con Đặng Tất và Nguyễn Cảnh Dị là con Nguyễn Cảnh Chân liên đem một bộ phận nghĩa quân vào Nghệ An, suy tôn Trần Quý Khoáng là cháu vua Trần Nghệ Tông lên làm vua, tức Trùng Quang Đế, tiến hành một cuộc khởi nghĩa khác.
Cuộc khởi nghĩa Trần Quý Khoáng ra đời do sự phân liệt, chia rẽ trong nội bộ cuộc khởi nghĩa Trần Ngỗi. Tình trạng đó kéo dài sẽ gây nguy hại lớn cho phong trào do quý tộc họ Trần lãnh đạo và sự nghiệp cứu nước nói chung của dân tộc. Những người cầm đầu cuộc khởi nghĩa Trần Quý Khoáng thấy rõ điều ấy và tìm cách hợp nhất hai lực lượng yêu nước lại dưới quyền của Trần Quý Khoáng rồi suy tôn Trần Ngỗi lên làm thái thượng hoàng.
Tình trạng phân liệt chấm dứt, nhưng cũng đã làm cho uy tín của quý tộc tôn thất họ Trần bị giảm sút và phong trào đấu tranh mang danh nghĩa của họ chịu những tổn thất nặng nề.
Nghĩa quân Trần Quý Khoáng, sau một thời gian củng cố lực lượng, vẫn kiểm soát khu vực từ Thanh Hóa trở vào. Dưới sự chỉ huy của các tướng Đặng Dung, Nguyễn Cảnh Dị, Nguyễn Suý, nghĩa quân nhiêu lần tiến ra hoạt động ở vùng lưu vực sông Đáy, sông Nhị, sông Thái Bình, đánh chiếm cửa Hàm Tử, đồn Bình Than, gây cho quân Minh nhiều thiệt hại.
Giữa năm 1410, quân Minh vừa chiếm lại được Thanh Hóa thì bùng nổ ngay cuộc khởi nghĩa Đồng Mặc. Nghĩa quân đánh bại quân địch, làm chủ phủ Thanh Hóa và phối hợp hoạt động với cuộc khởi nghĩa Trần Quý Khoáng.
Vùng đồng bằng có các cuộc khởi nghĩa Lê Nhị ở Thanh Oai, Lê Khang ở Thanh Đàm - (Thanh Trì, Hà Nội), Phạm Tuân ở Đông Kết (Khoái Châu, Hưng Yên), Đỗ Côi và Nguyễn Hiện ở Trường Yên (Ninh Bình).
Ở miền núi, phong trào chống Minh của các dân tộc thiểu số phát triển rất mạnh. Đó là phong trào do các thủ lĩnh ông Lão, Chu Sư Nhạn, Bùi Quý Thăng, Nguyễn Khắc Chẩn, Dương Khắc Chung, Nguyễn Trà, Dương Thế Chân... cầm đầu ở Thái Nguyên. Đó là cuộc khởi nghĩa Nguyễn Nhũ ở Đại Từ (Thái Nguyên), Nông Văn Lịch ở Lạng Sơn,Nguyễn Liễu ở vùng Lục Na (Bắc Giang)... Đặc biệt, phong trào nghĩa binh “áo đỏ” (hồng y) phát triển rộng rãi và kéo dài nhất.
Phong trào bắt đầu dấy lên ở Thái Nguyên cuối năm 1410 rồi lan khắp miền núi rừng phía bắc, phát triển sang vùng Tây Bắc, vào đến miền núi Thanh Hóa, Nghệ An.
Nhận xét về tình hình quân Minh khoảng cuối năm 1411 đầu năm 1412, sách Bình định Giao nam lục (đời Minh) viết: “Lúc bấy giờ, từ Đông Quan về phía đông, giặc cướp nổi lên như ong, gọi là đẹp yên thì chỉ có một thành Giao Châu mà thôi”. Từ cuối năm 1408 đến giữa năm 1411, trong khoảng 3 năm, triều đình nhà Minh đã phải ba lần đưa thêm viện binh sang cứu nguy cho quân đội của chúng ở nước ta. Cả ba lần tiếp viện đều do Trương Phụ, Mộc Thạnh chỉ huy. Đó là hai viên tướng hung hãn của nhà Minh đã từng cầm quân xâm lược nước ta và vừa được phong từ tước hầu lên tước công.
Trước sức đàn áp liên tục và khốc liệt của địch, năm 1412 các cuộc khởi nghĩa quanh Đông Quan và các phủ vùng đồng bằng bị thất bại. Năm 1413, Trương Phụ tập trung quân thủy và quân bộ, mở cuộc tiến công lớn vào phía nam, đánh bại lực lượng kháng chiến của Trần Quý Khoáng ở Tân Bình, Thuận Hóa (Bình Trị Thiên).
Sau thất bại của cuộc kháng chiến của nhà Hồ, cuộc khởi nghĩa Trần Ngỗi (1407 - 1409) và Trần Quý Khoáng (1409 – 1413) là lớn nhất. Hai cuộc khởi nghĩa này do một số quý tộc tôn thất họ Trần cầm đầu nên ngoài mục tiêu chống Minh, giành lại độc lập dân tộc, còn nhằm khôi phục vương triều Trần. Nhưng hai cuộc khởi nghĩa ấy, do sự bất lực và mất đoàn kết của những người lãnh đạo, nên chưa tập hợp được lực lượng kháng chiến của nhân dân cả nước và trở thành phong trào yêu nước có quy mô toàn quốc. Nhưng dù thất bại, phong trào đấu tranh vũ trang rộng lớn của nhân dân đã thể hiện quyết tâm chống xâm lược, giành lại độc lập chủ quyền đất nước.