Khái niệm ''hệ sinh thái'' có tồn tại với thời gian không?
Phương pháp mô tả đã nuôi dưỡng rất nhiều công trình cho tới những năm 1970, nhất là trong khuôn khổ của Chương trình Sinh học Quốc tế (1968-1974): đó là định lượng chính xác các dòng vật chất và năng lượng trong nhiều hệ sinh thái khác nhau. Nhưng quá trình tích lũy các dữ liệu cuối cùng đã cho thấy phương pháp này không giải thích được sự khác biệt giữa các hệ sinh thái. Hơn nữa, nó coi các dòng đã phân tích là ổn định, điều này không giúp ta hiểu được sự tiến hóa của hệ thống theo thời gian. Ra đời từ việc phê phán trường phái tột đỉnh, sinh thái học các hệ sinh thái đã bị chững lại vì quên không xét đến thời gian là sức thuyết phục của thuyết trước.
Trong khi sinh học của các hệ sinh thái bị suy giảm thì sinh học quần thể tỏ ra năng động hơn nhiều. Ngành sinh thái học này chú ý đến các yếu tố làm thay đổi quần thể các loài theo thời gian. Nó không xét đến khá nhiều hệ trong đó có các quần thể được nghiên cứu. Kết hợp chặt chẽ với phân tích di truyền, sinh thái học quần thể đã tham gia đầy đủ vào cuộc tranh luận có liên quan với sự tiến hoá, nhất là muốn biết liệu sự tiến hóa này có lợi gì cho cá thể, cho gen hoặc quần xã không.
Cho tới cuối những năm 1980, sự khác nhau giữa hai ngành sinh thái học chính vẫn còn rất rõ: một bên là các chuyên gia nghiên cứu hệ sinh thái đưa ra các ''hộp đen''- chẳng hạn coi tất cả thực vật của hệ thống chỉ là một lớp, và khảo sát có bao nhiêu năng lượng và vật chất vào và ra khỏi các hộp đen; bên kia là các nhà sinh thái học quần thể chỉ quan tâm tới các mạng dinh dưỡng (thức ăn) mà không tìm cách gắn chúng với các dòng của hệ sinh thái. Hai cách tiếp cận này đã bắt đầu kết hợp với nhau trong những năm 1990 bằng nghiên cứu tính đa dạng sinh học. Trên thực tế, sự giảm bớt số loài khiến người ta phải tự hỏi liệu nó có thể làm thay đổi hoạt động của các hệ sinh thái không. Để trả lời câu hỏi này, không nên chỉ chú ý đến bản thân các quần thể mà còn phải gắn liền việc nghiên cứu chúng với các dòng năng lượng; ngược lại, cần nghiên cứu các hệ sinh thái đã tiến hóa theo thời gian như thế nào.
